Я думаю, что прежде чем написать это письмо, Филофей проконсультировался с дьяком Мисюрь-Мунехиным. Мунехин не мог одобрять беспричинную жестокость нового режима в Пскове и, возможно, нуждался в поддержке Филофея для осуществления своих планов улучшения положения несчастных псковичей. Скорее всего, Мунехин взялся сам доставить письмо Филофея великому князю вместе со своим собственным докладом.
В своем письме Василию III Филофей обсуждал, в первую очередь, три вопроса: (1) вакансия («вдовство») Новгородского епископского престола; (2) неправильный способ совершения некоторыми людьми крестного знамения; (3) содомию. Филофей объяснял Василию III, что медлить с назначением новгородского епископа – значит наносить серьезный удар по единству церкви; он убеждал великого князя как можно скорее исправить это положение. Филофей говорил об этом в общих чертах, но, несомненно, имел в виду интересы Пскова и псковской церкви, которая осталась без защиты архиепископа.
Остальные две темы письма Филофея (способ, которым совершается крестное знамение, и содомия), вероятно, также имели не которое отношение к псковским делам. Я склоняюсь к мысли о том, что некоторые московские должностные лица, притеснявшие псковичей, обвинялись в содомии, а также в том, что неправильно крестились. Мунехин, конечно, прекрасно знал как держатся в Пскове москвичи; рассуждения Филофея о серьезности грехов, совершаемых ими, могли помочь ему убедить великого князя в необходимости устранить этих людей.
В своем «трактате» о грехах Филофей, снова не упоминая конкретно псковичей, умолял великого князя проявить милосердие к угнетенным: "Обрати скупость свою в щедрость и жестокость в милосердие; утешь плачущих, которые причитают и днем и ночью;
избавь угнетенных от руки угнетателей". И несомненно намекая на то, что псковичей лишили имущества, он предостерегает великого князя: "Не полагайся на золото и славу, которые достаются здесь на земле и остаются на земле. Мудрый Соломон сказал: «Назначение богатств и золота не в том, чтобы хранить их в сундуках, но в применении их для помощи нуждающихся».282
В заключение Филофей просил простить его за то, что осмелился писать, и указал, что после падения Константинополя великий князь московский – единственный оставшийся православный христианский правитель на земле, и поэтому у него особая ответственность и обязанности по отношению к православной христианской церкви. Именно в этом письме и в этой связи Филофей впервые сформулировал свою знаменитую теорию «Третьего Рима». Василий проигнорировал мольбу Филофея о том, чтобы положить конец «вдовству» новгородской епархии. С другой стороны, Василий «проявил милосердие» к Пскову и удалил своих жестоких наместников, заменив их двумя благожелательными людьми – князем Петром Великим-Шестуновым