Литовские вельможи хотели сохранить автономию великого княжества в неприкосновенности и были готовы только к тому, чтобы принять новый закон о престолонаследии, согласно которому каждый новый король должен был бы избираться объединенным сеймом Польши и Литвы. Кроме того, они стремились к постоянному военному союзу с Польшей. Это дало бы шляхте великого княжества политические преимущества перед вельможами.
Таким образом, военный аспект предполагаемого союза между двумя государствами был осложнен политическим соперничеством между аристократией и дворянством.
В 1562 г. шляхта Великого княжества Литовского, мобилизованная на войну с Московией и стоявшая лагерем возле Витебска, образовала «конфедерацию» и потребовала немедленного созыва объединенного польско-литовского сейма. Право формировать конфедерацию всей шляхты или ее части практиковалось в Польше в конце XIV и начале XV веков для достижения определенных политических целей. В XVI веке эта практика стала бесполезной поскольку к тому времени шляхта приобрела контроль над сеймом.458 Теперь же литовско-русская шляхта возродила этот обычай.
Ее начинание было поддержано польской шляхтой, которая на Петрковском сейме (1562-1563 гг.) добилась решения о созыве польско-литовского сейма в Варшаве 11 ноября 1563 г., чтобы начать переговоры о прочном союзе между Польшей и Литвой. Король согласился с этим требованием и созвал сейм.459
К этому времени война с Москвой уже началась. Из-за этого оказалось невозможным полное представительство литовского дворянства на сейме, и на собрании смогла присутствовать только делегация от совета вельмож и посланники шляхты. Поскольку городу Кракову было поручено послать делегата на польский сейм представитель города Вильно был включен в литовскую делегацию. Фактически, она находилась под контролем вельмож, которые выдвигали свой план союза, согласно которому Литва должна была сохранить свою автономию. Николай Радзивилл Черный был главным представителем литовцев на варшавском сейме.
В польской делегации на сейме, напротив, доминировала шляхта. Поляки требовали полного слияния Литвы с Польшей в единое содружество – rzeczpospolita.
Ввиду большого расхождения между польскими и литовскими планами объединения, Варшавский сейм 1563-1564 гг. не смог прийти к какому-либо решению.460
Тем временем Литва оказалась в состоянии войны. Литовские военачальники сконцентрировали свои основные силы в Ливонии, ожидая, что именно там будет главный театр военных действий. Поскольку часть русской армии уже стояла в Ливонии, царь в январе 1563 г. с отборными войсками вторгся в пределы Великого княжества Литовского и напал на Полоцк. Город сдался 15 февраля. Царь назначил в Полоцк трех наместников, которым повелел изучить старые полоцкие традиции правосудия и управления и позволить полоцкому дворянству самостоятельно избирать судей в своей земле.