Образование сечи, как независимого центра казачества, не могло не тревожить польское правительство. Казаки предпринимали частые набеги на крымских татар и на турецкие прибрежные крепости на Черном море, такие, как Очаков и Аккерман. Начиная со времен предводительства Дмитрия Вишневецкого, казаки вмешивались в молдавские дела и, таким образом, вступали в конфликт с Турцией. Султан считал казаков польскими подданными и расценивал их действия как польскую политику. Это угрожало миру между Польшей и Турцией. А этот мир Польша в то время стремилась всячески сохранить.
Польское правительство, которое после Люблинской унии установило контроль над Украиной, попыталось обуздать казаков и сформировать из них регулярное пограничное ополчение, которое было бы преданным королю и которое стали бы возглавлять офицеры, назначенные королем. Первая попытка сделать это была предпринята в 1572 г., в последний год правления Сигизмунда Августа. Создание пограничного войска было поручено полабскому гетману Ежи Язловецкому. Он организовал небольшой отряд казаков (300 человек) и назначил их командиром польского дворянина. Казакам было обещано жалование.533 Отряд просуществовал около трех лет, а затем был расформирован – нечем стало платить жалование.
В 1578 г. король Стефан Баторий организовал под командованием наместника Черкасс, князя Михаила Вишневецкого (родственника князя Дмитрия Вишневецкого), казацкий полк из 500 человек.534 Это были первые казаки, «зарегистрированные» на польской службе.
Во время войны Батория с Москвой (1579-1581 гг.) Михаил Вишневецкий и другие украинские вельможи предприняли несколько набегов на Северскую землю. Под началом Вишневецкого служили как «зарегистрированные», так и остальные казаки. Другие дворяне рекрутировали отряды казаков под своим командованием. Такими группами казаков командовал их собственный атаман – ватажок. Эти отряды состояли из конников и большей частью из пеших воинов.535 Вероятно, они насчитывали около двух тысяч человек. Они полностью разорили район вокруг Стародуба и другие части Северской земли. Баторий призывал запорожских казаков присоединиться к его основной армии, которая в то время осаждала Псков, но они отказались. Следует также учесть, что около пятисот донских казаков в то время находилось в Пскове, помогая псковским и московским войскам оборонять город. Их атаманом был днепровский казак из Черкасс, которого поляки называли Мишко.536
После окончания войны казачий отряд Вишневецкого был расформирован. Оставшиеся без дела казаки пустились на поиске новых приключений. Тем временем запорожские казаки, которые не участвовали в войне Батория против русского царя, вынашивали свои собственные планы борьбы с татарами и турками. Случилось так, что как раз в этот момент они получили поддержку с запада. Папа и император искали союзников для войны с турками. Слухи о подвигах казаков распространяли, в основном, римские католические священники. Но были и другие источники. В 15841 казацкий предводитель бежал из турецкого плена и направился в Италию. Там итальянец Гамберини имел с ним беседу и записал сведения о казаках. Он отметил, что их кавалеристы и пехотинцы – хорошие воины, и что среди казаков можно в случае опасности навербовать 15 000 человек для военных действий.