Новгородцы не могли далее оказывать сопротивление и послали архиепископа Евфимия в лагерь великого князя, прося о мире, который был дарован, но на тяжелых условиях. Их, тем не менее, приняли (1456 г.), и заключили новый договор от имени Василия II и его сына Ивана III, который был тогда шестнадцатилетним мальчиком.54 Этот мастерский удар московской дипломатии дал позднее Ивану возможность объявить Новгород своей «отчиной» (родовым владением). На новгородцев наложили штраф в размере 8500 рублей, кроме того великий князь мог теперь собирать с некоторых новгородских провинций специальный налог, так называемый «черный бор», остаток монгольской дани. Вече было лишено древнего права принимать договорные грамоты независимо от князя. Печать великого князя должна была присутствовать на всех договорных грамотах. Новгородцы обязывались не допускать в Новгород сына Шемяки (который бежал в Литву после смерти своего отца), а также кого-либо из других врагов Василия II («лиходеев»). Тем самым новгородцы не только отошли от своего древнего правила давать убежище любому просящему его, но также приняли политический контроль Москвы над их отношениями со всеми русскими князьями, не подчиненными власти великого князя московского. Более того, этим пунктом договора было введено новое понятие в отношениях между Москвой и Новгородом – «предательство». Любой союз новгородцев с врагом великого князя мог теперь рассматриваться московскими властями как политическое преступление против князя, который сам решал что считать предательством, а что нет. Ему одному теперь принадлежала власть наказывать за действия, которые он трактовал как преступный Ничего не говорилось об участии новгородских официальных лиц в политических процессах.
Договор 1456 г. оказался серьезным ударом по новгородской свободе. Он означал, что первый этап борьбы с Москвой был проигран. Это подготовило почву для похода Ивана III на Новгород пятнадцать лет спустя.
История московско-новгородского конфликта 1470-1471 гг. известна нам в основном из московских источников. Лишь отрывок из новгородских записей событий сохранился в четвертой новгородской летописи. Некоторая дополнительная информация может быть получена из псковских летописей. Московские описания естественным образом тенденциозны в пользу Ивана III, и некоторые из них звучат как политические памфлеты, разъясняющие московскую доктрину церкви и государства. Без сомнения памфлеты подобного рода писались также и в Новгороде, с тем чтобы объяснить и защитить новгородскую политическую программу, но ни один из них до нас не дошел.