В качестве ответной меры Иван III в 1492 г. запретил русским купцам торговать в Крыму. Тогда же, через Менгли-Гирея он направил письмо султану Баязеду, спрашивая, известно ли тому об обидах, наносимых подданным Ивана III, и предлагая прислать турецкого посла в Москву для обсуждения этого вопроса. Неизвестно, получил ли Иван III ответ от султана, но три года спустя Баязед решил реорганизовать турецкую администрацию в Крыму и отправил одного из своих сыновей, молодого шах-задеха Мухаммеда (буквально – «сына верховного правителя») в Каффу в качестве наместника. К Мухаммеду был назначен советник. Менгли-Гирей сообщил Ивану III, что Мухаммед уполномочен рассмотреть жалобы русских купцов. Вскоре (зимой 1495-96) Мухаммед отправил к Ивану III посла, но того арестовали в Киеве по приказу великого князя Александра Литовского и не позволили проследовать в Москву. Воспользовавшись началом переговоров, которые так и не состоялись, Иван III отправил своего посла Михаила Плещеева в Каффу, чтобы поблагодарить Мухаммеда, а затем в Константинополь, для переговоров с самим Баязедом.
Плещеев имел от Ивана III строгие инструкции не раскрывать турецким пашам цели своей миссии до встречи с султаном, а также не преклонять перед султаном коленей. Отказ Плещеева подчиниться требованиям турецкого протокола привел пашей в бешенство. А. Крымский остроумно замечает, что если бы подобный инцидент произошел при Мухаммеде II, то посла, несомненно, казнили бы.163 На счастье Плещеева, Баязед отличался мягким характером и согласился принять его (в мае 1497 г.).164 В своем ответе Ивану III Баязед сказал, что некоторые жалобы русских купцов лживы, но он тем не менее приказал своему сыну, наместнику в Каффе Мухаммеду, принять строгие меры, чтобы предотвратить притеснения русских купцов и обеспечить справедливое к ним отношение.
В 1499 г. Иван III отправил в Константинополь другого посла, Александра Голохвастова. Он должен был выразить благодарность Баязеду за его готовность облегчить условия торговли, а также предложить направить в Москву турецкого посла непосредственно от Баязеда, а не от Мухаммеда Каффского. Баязед хорошо принял Голохвастова. Однако в ответе Ивану III султан, хотя и выказал дружеское расположение, ничего не сказал об отправке посла в Москву. Дальнейшие контакты между Москвой и Константинополем в правление Ивана III осуществлялись через Каффу.165
Еще раз возвращаясь к казанским делам, заметим, что власти Москвы над этим ханством в 1495 г. бросил вызов Мамук, брат покойного хана Ивака (из рода Шибана) и его преемник на тюменском троне. Мамук заключил соглашение с несколькими ногайскими мурзами и при их поддержке напал на Казань осенью 1495 г. Мамук, несомненно, имел также тайный сговор с некоторыми казанскими мурзами – противниками Мухаммеда-Эмина, но когда он сам попытался захватить в Казани власть, большинство казанских мурз поднялись против него и отправили гонцов к Ивану III с просьбой посадить на казанский трон нового хана, младшего брата Мухаммед-Эмина Абд-ал-Лятифа. Иван III согласился, и в апреле 1496 года московские официальные лица препроводили Абд-ал-Лятифа в Казань и возвели его на престол. Мухаммед-Эмину Иван III пожаловал в «кормление» три русских города, включая Каширу и Серпухов.