Комитет внес еще одну рекомендацию, которая была впоследствии принята: Лос-Аламос должен нести ответственность за успешное действие бомбы, следовательно, необходимо разработать специальные методы для очистки плутония после его выделения. Я счел это предложение вполне подходящим для лос-аламосского объекта, так как количество плутония, подлежащего очистке, было очень небольшим, и нам все равно пришлось бы строить специальную установку либо в Ханфорде, либо в Лос-Аламосе. Комитет полностью поддержал мнение Оппенгеймера, с которым я был согласен, о том, что необходимо начинать баллистические исследования. Эти изменения темпа и задач удвоили количество людей в Лос-Аламосе, особенно занятых исследованиями в области баллистики и взрывчатых веществ.
Сектор взрывчатых веществ возглавил Джордж Кистяковский из Гарвардского университета, опытный химик, имевший опыт работы в области сильновзрывчатых веществ. Успех «Толстяка» зависел от конструкции и качества изготовления неядерной взрывчатки. И за то, и за другое Кистяковский нес ответственность. Работа велась в ненормальных для экспериментов условиях и из-за отсутствия времени не было возможности принять обычные меры предосторожности. Хотя опасность несчастных случаев была велика, никто не пострадал.
Для облегчения контроля за работой в Лос-Аламосе Оппенгеймер учредил руководящий совет, состоявший из него самого, начальников отделов и административных лиц, занимающихся общими вопросами. Начальникам отделов подчинялись руководители групп. Совет был осведомлен обо всем, что относилось к проекту и к его осуществлению. Кроме того, был организован консультативный комитет объекта. Этот последний был бельмом на глазу коменданта, который не мог удовлетворить все его требования, но критика часто приводила к улучшению жизни. В целом комитет не только способствовал улучшению взаимоотношений среди коллектива, но и был опорой администрации.
Проблемы, возникавшие в Лос-Аламосе, включали и такие, которые свойственны любому изолированному коллективу. Они усугублялись тем, что коллектив состоял из людей с противоположными жизненными устоями: ученых, не имеющих иного жизненного опыта, кроме того, который они приобрели в учебных заведениях, и одетых в военную форму служащих вооруженных сил. Последние почти все не имели профессии, плохо понимали и не любили образ жизни научных работников. Они были просто заинтересованы в доведении войны до быстрого и успешного конца.
Скрытые антипатии между небольшими частями этих групп всегда имели место, хотя Оппенгеймер, Парсонс, Тайлер и Бэйнбридж делали все возможное для их ликвидации.