Мы с адмиралом Пернеллом часто обсуждали важность организации второго атомного удара вслед за первым, для того чтобы у японцев не было возможности оправиться от первого потрясения. Пернелл был убежден, что двух бомб достаточно, чтобы закончить войну, и потому я был уверен, что с ним и Фареллом мне нечего бояться задержки в развитии нашей первой операции.
Если верить прогнозу, 9 августа погода должна была быть благоприятной. Однако в течение следующих пяти дней ожидалась плохая погода, что заставило нас привести первого «Толстяка» в готовность на день раньше. Когда решение было принято, научный персонал выразил опасение, что сокращение срока подготовки на целых два дня внесет элемент неуверенности. Тем не менее, я рискнул. К счастью, сборка прошла без приключений, и к вечеру 8 августа бомба была заряжена и проверена.
8 августа шесть самолетов с бомбами «тыква» вылетели в направлении различных целей.
Из-за плохой погоды только двум из них удалось достичь основных объектов, трем — второочередных, а один вернулся с полпути из-за неисправности.
В тексте приказа о второй атомной бомбардировке не было никаких указаний на необычный характер бомбы, хотя каждый читавший его понимал, что речь идет о далеко не обычной операции.
В этот раз мы наметили только два объекта: Кокура — цель первой очереди и Нагасаки — цель второй очереди. Город Ниигата не был включен в число целей из-за его удаленности от первых двух городов. Чтобы увеличить шансы поражения первой цели, самолету-доставщику приказали независимо от прогноза погоды приблизиться к району первой очереди настолько близко, чтобы непосредственно убедиться в невозможности визуального бомбометания. Только после этого он мог изменить курс и лететь ко второй цели. Для предотвращения слишком раннего прибытия к цели тех самолетов, которые должны были сфотографировать взрыв, они были обязаны запросить Тиниан и Иводзиму, прежде чем минуют последний остров. В случае отсутствия достоверных сведений они должны были сфотографировать обе цели.
Арсенал в городе Кокура был крупнейшим военным заводом Японии, на котором производились самые различные виды оружия и другого военного снаряжения. Он раскинулся на площади почти в 800 гектар, а вокруг него располагались вспомогательные объекты: машиностроительные заводы, заводы по изготовлению запасных деталей, электростанции и различные бытовые службы.
В городе Нагасаки сосредоточены крупнейшие в Японии судостроительные и ремонтные заводы. Нагасаки — важный центр по производству боеприпасов для военно-морского флота. Точка прицеливания была выбрана в деловой части города — к востоку от бухты.