Четырнадцать наиболее близких к нему монгольских офицеров посадили в бронепоезд и повезли в Читу, но по дороге они «подавили конвой, завладели оружием и двумя головными вагонами, заставив машиниста ехать обратно». Они думали прорваться в Китай, но в Даурии успели перевести стрелки. Оказавшись в западне, монголы отчаянно оборонялись, но в конце концов атакующим удалось захватить паровоз, отцепить захваченные мятежниками вагоны и подвести их под огонь дивизионных батарей.
После этого инцидента правительство Нэйсэ-гэгена фактически прекратило свою деятельность, и сам он вместе с харачинами был отправлен из Даурии в Верхнеудинск. Но одновременно Семёнов опять начинает прощупывать возможность осуществления своих панмонгольских планов. Причины вернуться на старое пепелище у него были.
К осени 1919 года партизанское движение в Забайкалье становится поистине всенародным, в нём участвуют все слои населения вплоть до купечества и караульских казаков. Даже родной дядя атамана, известный под кличкой «дядя Сеня», оказывается во главе одного из отрядов. Теперь семёновский режим контролирует лишь города и узкую полосу вдоль железнодорожной линии Верхнеудинск – Чита – Маньчжурия, да и эта зона уже небезопасна. Японцы почти не участвуют в боевых операциях, большая часть экспедиционного корпуса оттягивается на Дальний Восток, в Приморье. К западу от Байкала события тоже развиваются стремительно. Успешное поначалу осеннее наступление армий Сахарова и Ханжина в районе Тобольска завершается провалом; отныне всем ясно, что Колчак войну проиграл. Падение Омска становится вопросом ближайших недель.
В этой ситуации Семёнов неминуемо должен был задуматься о собственном будущем. Роль монгольского «главковерха» опять начинает представляться ему спасительной и желанной, как было минувшей зимой, когда он тоже почувствовал непрочность своего положения. Но тогда это было связано с усилением Колчака, с его победами, теперь – с его поражением. Тогда Семёнову грозило торжество белых, теперь – их гибель. Чтобы склонить Богдо-гэгена к участию в панмонгольском движении, атаман командирует в Ургу генерала Левицкого, исполнителя его особо доверенных поручений. Левицкий нанёс визит министру иностранных дел Халхи, известному китаефилу Цэрен-Доржи, но, как следовало ожидать, ничего не добился. В Урге растёт влияние прокитайской партии. Окружение «живого Будды» не доверяет Семёнову с его сомнительными ставленниками вроде Нэйсэ-гэгена, с его харачинами, готовыми грабить всех и вся, с его опорой не на ламство, а на князей Внутренней Монголии. Сам атаман с его честолюбием тоже кажется фигурой в высшей степени подозрительной.