А. В. Колчак мечтал об открытии северного морского пути и вносил вклад в его подготовку. Но он и ранее, и особенно после столь неудачно закончившейся для России войны буквально разрывался между полярными, научными исследованиями и военно-морским делом. Острые проблемы военного строительства в России влекли его все больше.
По окончании срока прикомандирования к Академии наук А. В. Колчак приступил к офицерским обязанностям в Морском Генштабе (с 1906 г. А. В Колчак был начальником статистического отдела, а с 1909 г. — отдела по разработке стратегических идей защиты Балтики.). А они теперь оказались обусловленными тем, что Колчак, как и многие офицеры, тяжело переживал позорное поражение и фактическую гибель флота в войне. Но в отличие от большинства других он тщательно продумывал пути и способы возрождения и реорганизации флота. Колчак, можно сказать, не по чину оказался вдруг одной из ключевых фигур в этом деле. Его талант засверкал новыми гранями. Как генератор идей и организатор, он проявляет большую волю, оказывает влияние не только на офицерскую молодежь, но и на ветеранов флота, его адмиральский эшелон. Между двумя войнами — русско-японской и первой мировой — Колчак все определеннее выступает в роли воссоздателя и реформатора военно-морского флота России. По инициативе его единомышленников, молодых офицеров, создается Петербургский военно-морской кружок. Члены этого кружка добились полулегального признания и определенной поддержки со стороны морского министра. В Николаевской морской академии группе было предоставлено помещение, кое-какие средства. Колчак вслед за лейтенантом А. Н. Щеголевым и капитаном 2-го ранга М. Римским-Корсаковым долгое время был председателем этого кружка, будучи капитан-лейтенантом, и лишь позднее, в разгар этой работы, 13 апреля 1908 г. ему присваивается звание капитана 2-го ранга. В 1907 г. в своем кружке, переведенном в Морской Генштаб, А. В. Колчак выступил с докладом «Какой нужен Русский флот», в котором отмеча-лось: «России нужна реальная морская сила, на которую могла бы опереться независимая политика, достойная великой державы, и на которой могла бы быть основана неприкосновен-ность ее морских границ, то есть такая политика, которая в необходимом случае получает подтверждение в виде успешной войны. Эта реальная сила лежит в линейном флоте, и только в нем, по крайней мере в настоящее время мы не можем говорить о чем-либо другом». В статье «Современные линейные корабли» он развивал эту же ключевую для судеб Российского флота идею.