27 октября 1909 г. корабли направились из Петербурга через Суэцкий канал во Владивосток («Вайгач» под командой А. В. Колчака и «Таймыр» — Ф. А. Матисена). Уже на пути следования проводились научные наблюдения. 3 июля 1910 г. суда прибыли во Владивосток, несколько позже, чем следовало, для осуществления плавания в Арктику. Во Владивосток сушей еще позднее — 9 августа — прибыл и начальник экспедиции полковник И. С. Сергеев. Причиной задержки послужила длительная остановка судов в Гавре для устранения конструктивных недостатков судов и аварийной неисправности на «Таймыре» (в связи с этим Матисен был отозван и заменен А. А. Макалинским).
А. В. Колчак горел идеей открытием Северного пути, заражал ею и других.
Во время остановки «Вайгача» в Петропавловске-Камчатском на корабль поднялся Е. Шильдкнехт, также моряк, штурманский офицер с транспортного судна «Колыма». Ему очень хотелось осмотреть пришвартованный необычный ледокольный корабль. Колчак сам знакомил офицера с судном. «Показав мне весь корабль, — вспоминал Шильдкнехт; — он не ограничился этим, а пригласил меня к себе, вытащил кучу чертежей и прочел мне целую лекцию о конструк-ции ледоколов, условиях образования льдов и торосов и предполагаемых возможностях плава-ния Северным путем. Обладая колоссальной эрудицией как общей, так и в этом специальном вопросе, Колчак сделал свою лекцию настолько, не скажу даже интересной, а просто увлекатель-ной, что я не заметил, как пролетели два часа, проведенные с ним. Это побудило меня хлопотать о назначении на ледоколы и действительно Штаб Сибирской флотилии назначил меня на „Таймыр“, где я пробыл зиму 1911 года». Главное гидрографическое управление на навигацию 1910 г. поставило ограниченные задачи: пройти в Берингов пролив и обследовать его район, имея основным пунктом для съемок и больших астрономических наблюдений мыс Дежнева, на зимовку вернуться во Владивосток. Главная часть программы откладывалась на весну 1911 г. Задание было частично выполнено, необходимые научно-исследовательские работы в районе мыса, в которых участвовал и Колчак, завершены. По возвращении во Владивосток Л. В. Колчак узнал о благоприятных переменах в морском министерстве. Новый начальник Морского Генерального штаба князь А. А. Ливен, как и Л. А. Брусилов, разделял взгляды прогрессивно настроенных офицеров. Повысилось влияние товарища министра и представителя министерства в Государственной думе капитана 1-го ранга (с 1911 г. — контр-адмирала) И. К. Григоровича. Недовольство действиями министра С. А. Воеводского нарастало. Чуть позднее, в 1911 г., он был смещен и его кресло занял И. К. Григорович. Колчака просили приехать в Петербург и продолжить работу в Генеральном штабе по проведению в жизнь судостроительной программы. После некоторого колебания Колчак на предложение ответил согласием и зимой приехал в столицу.