Первые два месяца войны А. В. Колчак продолжал исполнять должность флаг-капитана. Он вел разработки оперативных заданий, планов, операций. И в отличие от обычных штабных работников стремился всякий раз к непосредственному участию в бою. В ряде случаев на боевые задания с кораблями выходил и сам командующий флотом Н. О. Эссен, также человек большого мужества. Несмотря на немецкое происхождение, он был большим патриотом России.
В мае 1915 г. Эссен скончался; командующим флотом стал вице-адмирал В. А. Канин, куда менее одаренный и нерешительный человек. Роль А. В. Колчака возросла. Он порой фактически выступал в роли руководителя боевых действий соединений флота.
Командованию флота удалось не только предотвратить прорыв немцев к Кронштадту, в восточную часть Финского залива, но и расширять и укреплять свои позиции. Защищен был Финский залив и развита активность в Ботническом заливе, где удачно использовались шхеры. Хотя в задачу флота не входила оборона огромного Рижского залива, тем не менее и здесь были предприняты меры защиты: вход в Балтийское море был заминирован. В августе 1915 г. германскому флоту удалось вытралить проход и войти в залив, но заграждения сделали свое дело: было выиграно время, несколько миноносцев противник потерял, они подорвались на минах, получили серьезные повреждения и некоторые крейсеры. Из-за угрозы новых потерь немцы вскоре из залива ушли. А это привело потом и к неудаче наступления их сухопутных сил на Ригу, ибо они не были поддержаны флотом.
Наиболее поражающими умением и отвагой были операции, проведенные под руководством А. В. Колчака, который вступал в командование специальными отрядами кораблей по постанов-ке минных заграждений в расположении противника. Так, отряд крейсеров под командованием Колчака пробрался за остров Борнхольм, прошел до Карколи и под новый, 1915 год, поставил там заграждения.
В феврале 1915 г. Колчак возглавил поход отряда из 4-х миноносцев и вышел к Данцигской бухте. Время было зимнее, в море — масса льда. В преодолении этих естественных препятствий Колчак использовал свой опыт плавания в Арктике. Миноносцы, которые, с их слабыми бортами, могли при неумелом вождении погибнуть при первом же столкновении с крупной льдиной, благополучно прибыли к месту операции. Поход отряда увенчался большим успехом: было выставлено 200 мин, на которых подорвались 4 крейсера, 8 миноносцев и 11 транспортов противника.
Командующий германским Балтийским флотом принц Генрих Прусский вынужден был приказать кораблям не выходить в море, пока не будут найдены средства для борьбы с русскими минами.