В ночь на 18 ноября 1918 г. переворот совершился. Он выразился главным образом в аресте членов Директории и некоторых ее сторонников. Арестовали членов Директории Н. Д. Авксен-тьева и В. М. Зензинова, а также товарища министра внутренних дел Е. М. Роговского, замести-теля члена Директории А. А. Аргунова. Все они были эсерами, поддерживали связь с ЦК своей партии, руководителями съезда членов Учредительного собрания, заседавшего в те дни в Екатеринбурге. В описании члена Директории В. М. Зензинова сам арест их произошел так: «Вечером 17 ноября я вместе с председателем Всероссийского правительства Авксентьевым находились у нашего друга, товарища министра внутренних дел Роговского, одного из немногих социалистов, приглашенных нами в Совет министров. Мы мирно беседовали за чаем и уже собирались расходиться по своим домам, когда вдруг в половине первого ночи в передней квартиры Роговского неожиданно раздался топот многочисленных ног и к нам с криками „руки вверх!“ в комнату ворвались несколько десятков офицеров с направленными на каждого из нас револьверами и ружьями. Под угрозой немедленного расстрела они запретили нам двигаться с места и заявили нам троим, что мы арестованы. На наш вопрос, кто осмелился дать им приказ об аресте законного правительства, они отвечать отказались. Большинство из них были пьяны и сильно возбуждены. В таких случаях револьверы обычно начинают стрелять сами и можно только удивляться, как это тогда не случилось».
Выступления в защиту, за освобождение членов Директории не последовало со стороны кого-либо, хотя бы небольшого подразделения многочисленного омского гарнизона. Директория уже находилась в изоляции. Лишь ропот части общества глухо прозвучал в белой столице против насилия. Его большинство было или безучастно, или довольно случившимся, перспекти-вой укрепления власти, исключения в ее системе нескончаемого противостояния, скрытого и явного. Примиренчески настроенных к Совету министров членов Директории беспартийного П. В. Вологодского, кадета В. А. Виноградова аресту не подвергли. Вологодский сам был посвящен в план готовящегося переворота и на определенных условиях одобрял его. В. Г. Болдырев находился в отъезде на фронте.
Для большинства членов правительства эти события оказались неожиданными. Вологодский еще до наступления утра по телефону разбудил членов Совета министров, в том числе Колчака, и созвал на заседание. Некоторые проявляли растерянность, но в итоге «нашли себя», сориенти-ровались. После того, как Виноградов сложил с себя полномочия члена Директории, обстановка на заседании упростилась. Директория признана была несуществующей. Совет министров взял власть в свои руки и решил избрать военного диктатора с тем, чтобы передать ему высшую власть. Поскольку кандидатура Колчака была предложена для избрания на эту роль, он с заседа-ния на время выборов удалился. В итоге один голос получил отсутствовавший Болдырев, все же остальные — Колчак. Колчаку было объявлено решение Совета министров — об избрании его Верховным правителем России. Затем он становится Верховным главнокомандующим всеми сухопутными и морскими силами*.