Софья стала искать себе опору в широких кругах дворянства. 19 августа она вместе с царями выехала из Москвы в Троице-Сергиев монастырь. Оттуда она обратилась к дворянам с призывом явиться под стены монастыря. Когда дворянское ополчение стало настолько многочисленным, что превратилось в грозную военную силу, Софья вызвала князя Хованского и на пути его в монастырь велела схватить и тут же казнить.
Узнав об этом, стрельцы поначалу решили дать бой собравшимся у монастыря дворянам, но сочли более благоразумным принести повинную. Роли переменились: не стрельцы диктовали волю Софье, а, наоборот, Софья предъявила стрельцам ультимативное требование срыть только что поставленный «столп» на Красной площади и не собираться в казачьи круги.
Началось семилетнее правление Софьи. Главой правительства стал князь Василий Васильевич Голицын, фаворит Софьи, выделявшийся среди современников начитанностью и знанием иностранных языков. Он «был своею персоною изрядной и ума великого и любим от всех» — так отзывался о нем его почитатель. Будучи руководителем Посольского приказа, Голицын в 1686 году заключил вечный мир с Польшей. Договор подтвердил присоединение к России Киева. Это был крупный внешнеполитический успех, которым Софья тут же воспользовалась для укрепления своего положения: с 1687 года в официальных документах наряду с царями стали называть имя Софьи. Впрочем, другие направления внешнеполитической деятельности правительства не только не закрепили престиж царевны, достигнутый вечным миром, но нанесли ему явный урон.
Россия взамен приобретенного Киева обязалась вступить в антитурецкую лигу в составе Польши, Австрии и Венеции и совершить походы против крымских татар. Союзники отводили этим походам вспомогательную роль: русские войска должны были приковать татарскую конницу к русскому театру военных действий и тем самым обезопасить польские и австрийские земли от ее опустошительных набегов. Борьба с крымцами соответствовала и интересам России, южные уезды которой подвергались их разбойным вторжениям.
Первый крымский поход во главе с князем Голицыным состоялся в 1687 году. Поход не пользовался популярностью среди служилых людей. Некоторые из них явились на смотр в траурном платье и с черными попонами на лошадях, выражая этим неверие в успех дела. В мае 100-тысячное войско двинулось к Крыму. Не дойдя до него и не встретив на своем пути неприятеля, войско, понеся значительный урон от бескормицы и отсутствия воды, вернулось обратно. Неудача, однако, не помешала Голицыну отправить победное донесение, смысл которого состоял в том, что оробевшие татары не отважились вступить в бой с русской ратью.