Оставив часть отряда в Тумбесе, он отправился с лучшими солдатами в глубь страны, чтобы привлечь на свою сторону туземное население. Франсиско использовал политику Кортеса. Грабеж был запрещен. Доминиканские монахи обращали индейцев в христианство. Поход превратился в крестовый, и у солдат появилось ощущение их божественного предназначения. Жажда золота не уменьшилась, но теперь она рядилась в мантию христовой истины.
Писарро вел своих людей от одной деревушки к другой, так что в них не было ни времени, ни сил размышлять о будущем. Индейских вождей, оказывавших сопротивление, сжигали живьем в назидание другим, и вскоре вся округа была покорена. Здесь впервые завоеватели стали рекрутировать население во вспомогательные войска, и хотя в испанских источниках нет упоминаний об индейских союзниках, почти не приходится сомневаться в том, что Писарро старался усилить свой маленький отряд за счет местных жителей.
В июне он заложил поселение на реке Чира, примерно в 80 милях к югу от Тумбеса. Поселение строилось по обычному колониальному образцу: церковь, арсенал и здание суда. Однако несмотря на то, что в Сан-Мигеле существовало законно назначенное городское правление, Писарро воспользовался своими полномочиями из Испании. Это дало ему возможность наделить каждого колониста землей, а поскольку индейцы привыкли к палочной дисциплине, которую насаждали их собственные правители, они не роптали. Все добытое золото и серебро испанцы переплавили в слитки, и Писарро сумел уговорить солдат отказаться от своей доли. Поэтому после вычета королевской доли, пятой части, он смог отправить сокровища на двух судах в Панаму, оплатив счета экспедиции.
Сокровища, разумеется, подтвердят рассказы капитанов о блестящих возможностях, открывающихся перед поселенцами в Новой Кастилии. Но Писарро не мог решить, стоит ли ему ждать подкрепления или сразу выступить в поход? Три недели он размышлял, пока не обнаружил, что бездействие порождает недовольство. Скорее всего именно настроения солдат сыграли определяющую роль: Писарро решил выступать. Тем более что Атауальпа покинул столицу инков Куско и был теперь в Кахамарке. Куско находился примерно в 1300 милях от Сан-Мигеля, так что Писарро и его люди, нагруженные пожитками, могли бы преодолеть такое расстояние за несколько недель по проложенным инками дорогам. До Кахамарки же было всего около 350 миль, на высоте 9 тысяч футов. Дорога, по сообщениям союзных индейцев, должна была занять не более 12 суток. Писарро не хотел упускать возможность побыстрее добраться до правителя инков.