В то время когда Петр пробрался к невскому устью и начал строить здесь новый городок, войска его забирали старые русские города, которые швед завел за себя. В конце мая Шереметев начал обстреливать Копорье, и крепость сдалась. «Музыка твоя, — писал Шереметев царю, — хорошо играет: шведы горазды танцевать и фортеции отдавать, а если бы не бомбы, бог знает, что бы делать!» Сдались и Ямы, или Ямбург, и царь велел укрепить его. «Итак, при помощи божией, Ингрия в руках. Дай боже доброе окончание!» — писал Петр Шереметев, доканчивая в июле укрепления Ямбурга, писал уже о зимованье в Ингрии, но Петр отвечал ему: «Когда город совершится, лучше, чтоб вам некакой подход отправить, и, о том разведав, изволь писать, сыскав, например, способа два, три, а мы также на те способы дадим совет, который будет удобнее». Чтоб помочь Шереметеву сыскать способы, Петр отправил к нему в Ямбург Меншикова. Способ был сыскан, и в конце августа Шереметев переправился за Нарову, пошел гостить в Эстонии таким же образом, как гостил прошлый год в Лифляндах. Гости были прежние: козаки, татары, калмыки, башкирцы, и гостили по-прежнему. Шлиппенбах бежал без оглядки. 5 сентября Шереметев вошел беспрепятственно в Везенберг, знаменитый в древней русской истории Раковор, и кучи пепла остались на месте красивого города. Та же участь постигла Вейсенштейн, Феллин, Обер-Пален, Руин; довершено было и опустошение Ливонии. В конце сентября Борис Петрович возвратился домой из гостей: скота и лошадей, по его объявлению, было взято вдвое против прошлого года, но чухон меньше, потому что вести было трудно.
У Финского залива в новорожденной столице строили укрепления, поджидая шведа; в старой Москве строили триумфальные ворота, в которые должен был въехать царь после покорения Ингрии. Петр не зажился в Москве: взоры его были постоянно обращены и на запад, и на восток; пробыв лето близ берегов Балтийского моря, зимою он поехал в Воронеж, но, занимаясь здесь Азовским флотом, который должен был сдерживать турок, царь не забывал невского устья, и Меншиков, остававшийся зимовать в Петербурге как губернатор, получил от него собственноручную модель крепости, которую должно было соорудить на море для безопасности нового городка.
Наступила весна 1704 года. Петр был в Петербурге; надобно было защищать этот дорогой городок, но Петр не хотел ограничиться одною оборонительною войною. Куда же наступать? В Ливонии и Эстонии опустошать было нечего более, но были там две сильные крепости, утверждение в которых было делом первой важности для России на случай, когда Карл XII обратит против нее свои главные силы: то были Дерпт и Нарва. Надобно было спешить их покорением, пока «швед увяз в Польше», по выражению Петра. 30 апреля Шереметев получил приказание от царя двинуться для осады Дерпта. 5 мая Шереметев дал знать, что генерал фон Верден взял на реке Эмбахе 13 шведских судов, плывших в Чудское озеро. Петр «с превеликою радостию принял известие о пресчастливой победе в нечаянном случае» и подтвердил Шереметеву приказание «идти и осадить конечно Дерпт, чтоб сего богом данного случая не пропустить, который после найти будет нельзя». У Шереметева сборы шли медленно; Петр торопил: «Немедленно извольте осаждать Дерпт, и зачем мешкаете, не знаю. Еще повторяя, пишу, не извольте медлить». Шереметев оправдывался в своей медленности тем, что стал здоров не по-старому, что один, ни от кого помощи не имеет: «Легко мне было жить при тебе да при Данилыче (Меншикове): ничего я за милостию вашею не знал»