Единоличное решение Павла I о создании Приорства для православных как неотъемлемой части Суверенного Ордена не было признано и утверждено папой. Как, впрочем, и все другие решения Павла I как Великого Магистра Ордена. Известно, что сам Павел I, а после его смерти и его сын Александр I, по дипломатическим каналам оказывали давление на папу, с тем, чтобы получить признание Павла I Великим Магистром и утвердить все акты, подписанные им в этом качестве. Причем в качестве аргумента фигурировало и восстановление дипломатических отношений со Святым Престолом. Однако папа Пий VI, а позже и папа Пий VII не попались на этот шантаж. Это подтверждает и приведенный ниже Меморандум папы.
20 января 1799 г. Пий VI направил нунцию Литте особую памятную записку (Меморандум), секретную по своему содержанию. Касаясь решения рыцарей о снятии Гомпеша, папа отмечал [14a]:
"...Следовало не только полностью доказать предъявленные Великому Магистру обвинения, но также, прежде чем приступать к лишению его сана, необходимо было предъявить значительное количество доказательств его вины, а также иметь зрелость суждений и, кроме всего прочего, надо было получить согласие представителей всех "языков". Та поспешность, с которой Российское Великое Приорство приступило к действию, которое может быть только совершаться по решению Апостольского Престола, не могла не удивить Его Святейшество... Следует отметить, что благородная решимость постоять за честь и достоинство Ордена вселила слишком большое усердие в души рыцарей, составляющих Российское Великое Приорство, и они, не удовлетворившись смещением настоящего Великого Магистра и не дождавшись ответа Его Святейшества, провозгласили нового Великого Магистра.
Подобное быстрое развитие событий не могло не опечалить душу Его Святейшества. Он убежден, что Его Величество Император Всероссийский, оказывая свое высочайшее покровительство Иерусалимскому Ордену и удовлетворяя просьбу рыцарей, составляющих Российское Великое Приорство, не имел в своих чистых помыслах ничего, кроме намерений защитить их права, подтвердить их полномочия и возродить былую мощь Ордена. С другой стороны, Его Святейшество не может забыть о правах принадлежащих Апостольскому Престолу на монашеские ордена, правах, возлагающих на него ответственность перед всем миром и в том числе перед членами Ордена, перед правителями государств, в которых находятся его члены - ответственность за любое действие, ущемляющее права Святого Престола, или противное Уставу самого Ордена. Итак, будучи не в состоянии одобрить или, по меньшей мере, обойти молчанием все действия, совершаемые Российским Великим Приорством, Его Святейшество вынужден напомнить членам, его составляющим, о необходимости их подчинения Святому Престолу, от которого они зависят, согласно Уставу, а также настоятельно им указать, насколько они уклонились от Устава Ордена, как в случае с провозглашением Великим Магистром Его Императорского Величества... Они не должны также забывать о декрете Григория XIII от 1589 г., по которому было установлено, что впредь только Святому Престолу будет принадлежать право решать судьбу Великого Магистра Ордена, сколь бы тяжелы не были его поступки, и что по этому поводу не может быть никакой обиды... Исходя из этих соображений, Его Святейшество должен был бы передать священную истину своему высокому окружению, если бы он санкционировал акции, предпринятые недавно Великим Приорством Российским".