Бальи Руспольи, ознакомившись с содержанием этого послания папы, прислал нотариально заверенный отказ от должности Великого Магистра Ордена. Дело вновь зашло в тупик.
В это же время оба Великие Российские Приорства представили четырех кандидатов, среди которых был и бальи Джованни Батиста Томмази - итальянец по происхождению. Папа, наконец, сделал свой выбор, провозгласил Великим Магистром Томмази.
9 февраля 1803 г. в послании папы Пия VII новому Великому Магистру, сообщалось: "Направляем Вам образец Нашего послания, отправленного Нами ранее Нашему дорогому сыну Бартоломео с тем, чтобы Вы знали, что все то, что Мы предписывали ему этим посланием, равным образом предписываем и Вам" [14а].
Священный Совет, собравшийся в Мессине, признал это избрание законным и постановил отправить Томмази магистерские регалии и общеорденские архивы, на что было получено соответствующее разрешение Александра I.
Завершение пребывания Ордена в России
Как пишет А.М. Станиславская: "В начале 1803 г. выяснилась неудача попыток русского правительства провести в Великие Магистры угодного ему кандидата (это не совсем так: кандидатура Ж. Томмази была предложена в числе четырех, представленных обоими Российскими Великими Приорствами. Авт.). Россия решила отстраниться от всех дел, касающихся Ордена. Английские войска продолжали оставаться на Мальте. Надежд на прямое и непосредственное утверждение русского влияния на Орден больше не было. Между тем содержание русского приорства Ордена стоило России немалых денег. Канцлер А.Р. Воронцов рекомендовал поэтому императору ликвидировать учрежденный в Петербурге Священный Совет Ордена, что и было сделано решением Совета 17 ноября 1802 г. Субсидии Ордену были прекращены (с 1810 г. - Авт.).
Попытки правительства Александра I добиться нейтрализации Мальты, закрепить свои связи с орденом и контролировать на правах гаранта мальтийскую политику Англии и Франции не удались главным образом из-за тайного сопротивления Англии. Англия и Франция сорвали наметившееся было соглашение с Россией о Мальте и не допустили ее участия в решении мальтийского вопроса на Амьенском конгрессе. В силу 10-й статьи Амьенского договора Англия должна была в трехмесячный срок вывести свои войска с Мальты. Английское правительство, однако, не торопилось с этим. Англия не хотела проникновения России на Средиземное море.
Царское правительство пыталось установить контроль над Мальтой с тем, чтобы сделать ее своей военно-морской базой в центральном Средиземноморье. Реальных возможностей у него для этого, однако, не было.