И. Д. Делянов, назначенный вместо А. П. Николаи, был из тех, кто никогда бы не пошел «против желаний правительства». Потому он и оставался на этом посту до своей смерти в 1897 г. Он был ставленником Каткова и Толстого и полностью подчинялся их указаниям. Ничего не меняя в проекте Университетской контрреформы, он внес его в мае 1884 г. в Государственный совет, где обстановка оказалась достаточно сложной. В оппозиции к проекту числили здесь не только Д. А. Милютина, А. А. Абазу, М. Т. Лорис-Меликова, но и бывших министров просвещения — Е. П. Ковалевского, А. В. Головнина, А. П. Николаи, а также таких влиятельных сановников, как Н. X. Бунге, А. А. Половцев и даже сам К. П. Победоносцев.
Противник университетской реформы 1863 г., Победоносцев с сомнением отнесся к той роли, которая отводилась новым уставом науке. Признавая необходимость ее подчинения государственным интересам, бывший университетский профессор все же устрашился столь полного принесения ее в жертву политическим целям. Благонадежность фактически выдвигалась здесь более важным критерием оценки преподавания, нежели его научный уровень. Поистине «храмы науки» превращались, по выражению П. А. Валуева, в «высшие полицейско-учебные заведения». Победоносцев выступил против введения государственных экзаменов, настаивая, что экзаменовать студентов должны сами преподаватели, а не назначенные Министерством просвещения чиновники (как было задумано авторами проекта).
Его защитники в Государственном совете (И. Д. Делянов, М. Н. Островский, П. П. Шувалов, Т. И. Филиппов) выглядели жалко на фоне блестящих выступлений сторонников университетской автономии и остались здесь в меньшинстве. Это заставило Александра III отложить решение вопроса, для него самого вполне ясного, до осени. Однако императору не терпелось внести новый устав в предстоящем 1884/85 учебном году, и в августе он созывает совещание в Ропше (под Петербургом), куда вместе с защитниками проекта контрреформы приглашает и Победоносцева.
Доводы Константина Петровича об опасности падения уровня образования не казались Александру III столь уж важными. Гораздо ближе и понятнее ему были соображения о том, что университеты — дело государственное, а профессора — должностные лица, находящиеся на коронной службе, и потому должны не выбираться, а назначаться правительством. Да и принцип выборности был столь ненавистен царю, что уже одно это предрешало его мнение. Александр III принял сторону меньшинства, поддержав проект нового университетского устава.
Надо ли говорить, что и Победоносцев в ходе обсуждения присоединился к сторонникам проекта. «Вице-император», как его называли в придворных кругах, умел стоять один против всех, если чувствовал поддержку самодержца. Но пойти против него — даже в союзе с подавляющим большинством Государственного совета — никогда бы не осмелился. Впрочем, вопрос, который особенно смущал Константина Петровича, — об отделении экзаменов от преподавания — был решен компромиссно. Наряду с государственными экзаменами вводились и факультативные, которые принимались профессурой.