Когда Иосиф возвратился на родину, там уже шла освободительная война против римского гнета. В этой войне 66-73 годов н. э., которую благодаря Иосифу Флавию стали называть Иудейской, переплелось еврейское национально-освободительное движение против римлян, превративших с 6 года н. э. Иудею в свою провинцию, с социальной и религиозной борьбой внутри самого иудейского общества. Иосиф бен Маттафия был назначен командующим войсками повстанцев в Галилее, через которую римляне направили свой главный удар. Иосиф действовал медленно, нерешительно, а когда римляне разбили восставших в Галилее, он сдался в плен. Там он предсказал римскому полководцу Веспасиану, что тот вскоре станет императором. Так и произошло – в усобицах, последовавших за смертью Нерона, победил тот, под чьим командованием находились самые крупные военные силы. Веспасиан освободил Иосифа из плена, и он в знак благодарности по обычаю римских вольноотпущенников взял себе родовое имя Веспасиана – Флавий. Так Иосиф бен Маттафия стал Иосифом Флавием. Он ступил на путь измены – служил вначале при Веспасиане, а затем адъютантом при его сыне Тите, который окончательно подавил восстание в Иудее.
После кровавого завершения Иудейской войны Иосиф до конца своих дней жил в Риме, в императорском дворце на Эсквилине, и был, по существу, самым влиятельным человеком среди римских евреев, пользуясь покровительством императоров Веспасиана, Тита и даже Домициана. В Риме он занялся литературной работой и начал писать исторические сочинения. Первым из них была «Иудейская война», прочитанная и одобренная Веспасианом и Титом.
Над вторым своим произведением – «Иудейскими древностями» – Иосиф Флавий трудился много лет и закончил его в середине 90-х годов, незадолго до своей смерти (умер он, вероятно, в 100 году или двумя-тремя годами позднее). Главной целью Иосифа было не простое описание исторических событий. Он хотел ознакомить с богатой и древней историей своего народа широкие круги читателей из разных стран, подчиненных могущественному Риму. В известной степени его произведение – это иудейская апология. Иосиф стремился показать, что евреи, так же как и многие другие народы, имеют древние и глубокие религиозные, государственные и культурные традиции. Его концепция истории – провиденциалистская: в соответствии со своими религиозными убеждениями он считал только евреев богоизбранным народом и историю их рассматривал как выполнение божественных установлений, отступления от которых приводили к тяжелым бедам и несчастьям.
В соответствии с главной целью Иосифа его труд был написан на греческом языке. Он состоит из двадцати книг. Свое повествование Иосиф Флавий начинает с момента сотворения мира. Текст первых десяти книг параллелен библейскому тексту. Иосиф подробно не пересказывает содержание Библии и строго не следует ему. Его повествование более краткое и, если можно так сказать, более историзованное – он скрупулезно прослеживает в Библии линию именно человеческой истории. В одиннадцатой книге он доходит до времен Александра Македонского. С двенадцатой книги содержание «Иудейских древностей» перекликается с содержанием «Иудейской войны», но события раскрываются более подробно, более широко, порой в иной версии. Как и в первой своей книге, Иосиф Флавий излагает историю евреев на фоне всемирной истории.