Это место позднее вызвало бурные споры относительно своей подлинности. Многие исследователи (как атеисты, так и теологи) считали, что не мог фарисей Иосиф принимать Иисуса за Христа (мессию) и верить в его воскресение. При этом приводили утверждение видного христианского автора III века Оригена о том, что Иосиф, мол, не считал Иисуса Христом. Весь вышеприведенный отрывок объявлялся позднейшей вставкой, сделанной христианским переписчиком. И мало кто обратил внимание, что тот же Иероним, цитируя Иосифа в латинском переводе, вместо слов «то был Христос» давал «его считали Христом». Но в начале нашего века была обнаружена иная версия этого места, процитированная по-арабски христианским епископом Х века Агапием в его «Всемирной истории», и все стало на свои места: оказывается, Иосиф просто передавал слова учеников Иисуса о своем наставнике, которого именно они считали мессией.
Повествуя о различных пророческих и мессианских движениях в Иудее, Иосиф Флавий в той же 18-й книге рассказывает и об Иоанне Крестителе, праведном человеке, который призывал иудеев быть добродетельными и совершать омовения, чтобы избавиться от грехов. Версия его смерти у Иосифа иная, чем в Новом Завете, – Иоанн был казнен Иродом-Антипой в крепости Махерон из-за опасения массовых волнений среди населения Иудеи.
Произведения Иосифа Флавия были популярны уже в период поздней античности. Тогда же появился и перевод «Иудейских древностей» на латынь. Он приписывается либо Иерониму, либо его современнику Руфину Аквилейскому. В средневековой Европе «Иудейские древности» многократно переписывались, в основном в латинском переводе.
В IX-Х веках в Италии появился так называемый «Иосиппон», написанный на древнееврейском языке. В нем описывались события всемирной и еврейской истории от времен строительства Вавилонской башни до взятия римлянами Иерусалима в 70 году н. э. По существу эта хроника представляла собой сокращенный перевод «Иудейских древностей» и «Иудейской войны», но автором был назван Иосиф бен Горион. Почему же не Иосиф Флавий? Видимо, в то время иудеи настороженно относились к нему из-за его предательства в период Иудейской войны. «Иосиппон» приобрел не меньшую популярность, чем «Иудейские древности». С появлением книгопечатания он был издан даже раньше этого крупнейшего сочинения Иосифа Флавия – в 1476 году.
Первое печатное издание «Иудейских древностей» на греческом языке появилось в 1544 году. Затем последовали другие издания – 1611 и 1634 годов (Кельн), 1687 года (Оксфорд), 1691 года (Лейпциг), 1700 года (Оксфорд), 1726 года (Лейден) и так далее. Уже в XV-XVI веках «Иудейские древности» были переведены на французский, итальянский, немецкий и испанский языки. Книга издавалась как на современных языках, так и на латыни.