Две дивизии 10-го корпуса, стоявшие вокруг Мерса-Матруха, тоже были отведены назад в безопасное место, хотя и с трудом. 27 июня они нанесли удар в южном направлении по прорвавшимся частям противника, но не смогли задержать врага. Враг продолжал оказывать давление и угрожал прибрежной дороге. Корпусу было приказано отступить на восток. Они пробивали себе путь по дороге до тех пор, пока сна не была преграждена вражескими силами. Тогда они пошли на юг через Пустыню в Эль-Аламейн. 30-й корпус был отведен к Эль-Аламейну еще раньше. Когда к нему присоединились 10-й и 13-й корпуса, вся армия 30 июня была развернута на новых позициях или позади них.
Позиции у Эль-Аламейна тянулись от железнодорожной станции того же названия до непроходимой впадины Каттара, расположенной в 35 милях к югу. Это была слишком растянутая линия для тех войск, которые имелись в наличии, чтобы ее удержать. Была проделана большая работа, однако если не говорить об усиленных полевых укреплениях вокруг самого Эль-Аламейна, то эта линия состояла главным образом из несвязанных между собой сооружений. Однако фланги были надежными, и 8-я армия получила сильные подкрепления. Реорганизация 8-й армии не заняла много времени благодаря существовавшим преимуществам – коротким коммуникациям и близости Александрии, находившейся на расстоянии всего лишь 40 миль. Окинлек, приняв непосредственное командование, сразу же попытался вновь завладеть тактической инициативой. Уже 2 июля он предпринял первую из целого ряда контратак, которые продолжались до середины месяца. Эти контратаки ставили под угрозу непрочное превосходство Роммеля.
Коммуникации Роммеля были действительно напряжены до предела, и его войска были истощены. Лишь дюжина германских танков все еще была пригодна для боя, а превосходство английской авиации, особенно истребителей, опять становилось подавляющим. 4 июля Роммель сообщал, что он откладывает свои атаки и переходит на время к обороне с целью перегруппировки и пополнения своих войск. Однако он все еще был уверен, что возьмет Египет, и такого же мнения придерживались Муссолини и Гитлер.
Фюрер, не спрашивая ни итальянцев, ни свое собственное военно-морское командование, отложил атаку на Мальту, пока завоевание Египта не будет завершено.
Контратаки Окинлека оказывали очень сильное давление на Роммеля в течение первых двух недель июля. Затем он принял вызов и с 15 по 20 июля возобновил свои попытки прорвать английскую линию. 21 июля ему пришлось доложить, что он был остановлен: «Кризис все еще существует», 26 июля он предусматривал отступление к границе. Он жаловался, что получил мало подкреплений; ему не хватало людей, танков и артиллерии; английская авиация проявляла чрезвычайно большую активность. Так битва шла с переменным успехом до конца месяца, пока обе стороны не измотались в боях и не остановились. 8-я армия под командованием Окинлека выдержала штурм и во время своей упорной обороны взяла несколько тысяч пленных. Египет все еще был в безопасности.