Попав сначала на должность начальника штаба одной из бригад Заамурского округа пограничной стражи, Деникин затем стал начальником штаба Забайкальской казачьей дивизии под командованием генерала Ренненкампфа и закончил войну в конном отряде генерала Мищенко - начальником штаба Урало-Забайкальской дивизии.
По своей природе он не слишком любил штабную работу. Его всегда тянуло на более активную роль командира боевого участка на фронте. Эту роль он несколько раз отлично совмещал с должностью начальника штаба.
В историю русско-японской войны вошли названия нескольких сопок, где особенно ярко проявился русский героизм. «Деникинская сопка», близ позиций Цинхеченского сражения, названа в честь схватки, в которой Антон Иванович штыками отбил наступление неприятеля.
Например, в ноябре 1904 года во время Цинхеченского боя генерал Ренненкампф, по просьбе Деникина, послал его в авангард заменить командира одного из казачьих полков. Деникин блестяще выполнил свою миссию и штыками отбил японские атаки.
За отличие в боях Деникина быстро произвели в подполковники, затем в полковники. В те времена производство в полковники на тринадцатом году службы свидетельствовало об успешной карьере.
Сочетание боевых качеств Мищенко и Деникина принесло известность отряду. В мае 1905 года, совершив конный набег в тыл противника, отряд истребил японские склады и транспорты, испортил подвозной путь и телеграфное сообщение, захватил пленных. Но главное следствие этого рейда - моральный подъем в армии, не слишком избалованной успехами.
Деникин уважал и ценил генерала Мищенко. О совместной работе с ним Деникин запомнил, между прочим, следующее:
«Когда бой становился жарким, генерал Мищенко со своим штабом неизменно шел впереди с солдатами в стрелковой цепи. «Я своих казаков знаю, - говаривал он, - им, знаете ли, легче, когда они видят, что и начальству плохо приходится».
Еще до японской войны недовольство правительством в левых кругах интеллигенции проявлялось в различных выступлениях и даже в политических убийствах. (Были убиты министр народного просвещения Боголепов и министр внутренних дел Сипягин). Но военные просчеты дали повод открыто пойти на разрыв с непопулярным правительством.
Каждая новая неудача на фронте увеличивала раздражение и критику, которые затем перешли в беспорядки. Начались террористические акты, аграрные волнения, крестьяне сводили счеты с помещиками, жгли и громили их усадьбы. В Петербурге и других городах образовались Советы рабочих депутатов - предвестники Советов 1917 года. И впервые там промелькнула беспокойная фигура Льва Троцкого. Волна забастовок прокатилась по России. В октябре 1905 года всеобщая политическая забастовка, включая железные дороги, парализовала на время жизнь страны. Прошли военные бунты, вспыхнуло вооруженное восстание в Москве. Хаос анархии охватил всю страну.