Подход Иорданского к этому делу и казуистика в ответе правительства: «действовать по закону, принимая во внимание обстоятельства на местах», фактически являлись бессовестным издевательством над правосудием. В условиях того времени, фраза: «действовать сообразно с местными обстоятельствами» могла иметь лишь один смысл, а именно - дать возможность толпе вмешаться в судебный процесс и предрешить его исход.
И нет сомнения, что намерения Иорданского сводились именно к этому. Но помешала ему «Чрезвычайная следственная комиссия по делу генерала Л. Г. Корнилова», спешно образованная в Петрограде в ночь на 30 августа.
Председателем Чрезвычайной следственной комиссии назначен был И. С. Шабловский, главный военно-морской прокурор. До революции он занимался адвокатурой в Риге и после 1905 года выступал защитником по политическим делам в судах Прибалтийского края. Там он познакомился и сошелся с Керенским, также выступавшим в роли политического защитника. В марте 1917 года личное знакомство с Керенским привело гражданского юриста Шабловского к неожиданному назначению на высшую должность в военно-морском судебном ведомстве.
Комиссия, чрезвычайно пестрая по своему составу, благодаря счастливой случайности образовалась из людей высоких моральных качеств. Несмотря на сильное политическое давление слева, все ее члены отнеслись к делу с полнейшей объективностью и вынесли заключения, весьма неожиданные для Временного правительства и его главы.
В первых числах сентября Керенский известил членов комиссии, что комиссар Иорданский просил его согласия на предание военному суду в Бердичеве генерала Деникина и членов его штаба, как соучастников преступления генерала Корнилова. Керенский предлагал комиссии разрешить этот вопрос. Комиссия ответила отказом Иорданскому. Причина отказа была логичной: с точки зрения права, судить второстепенных преступников раньше главных виновников было недопустимо, тем более что виновность их еще не была доказана, так как следствие только начиналось. Кроме того, удовлетворение требования Иорданского влекло за собой, на первый взгляд, мало заметное, но чрезвычайно важное последствие: военно-революционный суд мог вынести лишь один приговор - смертную казнь.
Прошло меньше суток. Керенский снова вызвал Шабловского и сообщил, что комиссар Иорданский настаивает на своем требовании предать Деникина и других генералов Юго-Западного фронта военному суду, и притом немедленно. «Иначе он не отвечает за фронт ни на один день». Эта фраза с угрозой, указывали потом члены комиссии, повторялась несколько раз, когда вопрос о жизни и смерти арестованных висел буквально на волоске. Керенский, по их мнению, несомненно, «пробовал оказать давление на Шабловского, чтобы изменить решение комиссии в духе Иорданского».