Развитие событий в романе началось с того момента, когда проходящий корабль высадил в Ойстерпонде старого, страдающего неизлечимой болезнью моряка по имени Томас Даггетт. Родом он был с расположенного немного к северу острова Мартас-Виньярд, который он покинул около 50 лет тому назад. Все эти годы он служил моряком и вот теперь, на старости лет, больной, направлялся в родные места. Но очередной приступ болезни заставил его найти временное пристанище у вдовы, соседки Пратта. Священник сошелся с моряком и много времени проводил в беседах с ним. Моряк перед смертью рассказал Пратту, что ему известны координаты островов, изобилующих тюленями, а также место, где спрятали свои сокровища пираты.
После смерти матроса Пратт завладевает его чемоданом и узнает из находившихся в нем морских карт координаты тех мест, о которых рассказывал Даггетт. Он переписывает эти координаты и уничтожает их на картах Даггетта. Еще раньше, увлеченный рассказами моряка, Пратт купил и снарядил для длительного путешествия шхуну «Морской лев», капитаном которой стал молодой моряк Росуэл Гардинер, влюбленный в Марию.
О смерти моряка узнали его родственники, до них также дошли слухи о том, что он знавал места, где можно разбогатеть. Один из них прибыл в Ойстерпонд, чтобы получить оставшееся после смерти родственника имущество. Его очень удивило то обстоятельство, что на старых морских картах Даггетта не оказалось никаких пометок. Однако от него не укрылось, что Пратт неожиданно купил шхуну и готовит ее к длительному путешествию. Он принял необходимые меры, и в результате, когда «Морской лев» Пратта вышел в море, его сопровождала другая шхуна, с тем же названием, но снаряженная родственниками Даггетта из Мартас-Виньярд.
Приключения обеих шхун во время путешествия в Южные моря к островам тюленей, необходимость оказывать помощь друг другу, погоня за прибылью – все это описано Купером с большим мастерством и знанием дела. Вынужденные из-за жадности Даггетта зимовать в антарктических морях, матросы обеих шхун переносят тягчайшие условия антарктической зимы, вся команда Даггетта замерзает, сам он умирает от обморожения. Гардинер восстанавливает полуразрушенную шхуну и после двухлетнего отсутствия возвращается в родные края, где застает старого священника при смерти. Он успевает рассказать Пратту о своем успешном путешествии, показывает ему найденные пиратские золотые дублоны, и священник испускает дух, удовлетворенный тем, что его опасная затея дала результаты. Наследницей всего имущества Пратта становится Мария, которая и выходит замуж за молодого капитана.