Служебного расследования по линии ФСБ, разумеется, никто не проводил, уволен никто не был. Абовяну, кажется, изменили фамилию и оставили на службе. В суд или военную прокуратуру материалы проверок переданы не были. От первого заместителя главного военного прокурора генерал-лейтенанта юстиции Г. Н. Носина был получен ответ следующего содержания: «По результатам проверки в отношении офицеров УФСБ по Москве и Московской области, упомянутых в письме, в возбуждении уголовного дела отказано». Про Юмашкина московское УФСБ на запрос корреспондента «Коммерсанта» честно сообщило, что Юмашкин выполнял спецзадание по контролю за действиями банды Лазовского. В 1997 году майор Юмашкин все-таки засветился и стал фигурантом в уголовном деле по факту заказных убийств, возбужденном Таганской прокуратурой Москвы. Но, поскольку, видимо, и при организации заказных убийств Юмашкин выполнял очередное спецзадание, он продолжал служить в московском УФСБ и в 1999 году получил очередное воинское звание подполковника.
Единственной жертвой депутатского запроса Щекочихина стал начальник московского УФСБ, заместитель директора ФСБ России Анатолий Трофимов, отстраненный от должности в феврале 1997 года. Пресс-секретарь президента России Сергей Ястржембский заявил, что Трофимова отстранили «за грубые нарушения, вскрытые проверкой Счетной палаты РФ, и упущения в служебной деятельности».
Согласно другой версии, Трофимова уволили как раз за то, что он попытался разобраться в сути запроса Щекочихина. Рассказывают, что, прочитав запрос, Трофимов вызвал к себе одного из замов и приказал ему подготовить бумаги на увольнение всех упомянутых в нем сотрудников. А в результате уволили самого Трофимова, воспользовавшись скандалом, вызванным арестом двух его подчиненных. Они были арестованы МУРом и Главным управлением по незаконному обороту наркотиков за торговлю кокаином. Трофимов был уволен через два дня после того, как СМИ сообщили о задержании наркодельцов со служебными удостоверениями офицеров московского УФСБ.
Следует подчеркнуть, что тема вовлечения конкретных сотрудников (и ФСБ в целом) в террористическую деятельность, списываемую на чеченцев, не поднималась ни в запросе Щекочихина, ни в ответах официальных лиц. На суде никто из сотрудников силовых ведомств, обвиненных согласно заявлению Колесникова в общей сложности в более чем десяти убийствах, найден виновным не был. 31 января 1997 года Лазовский и Харисов предстали перед Тверским судом, который длился всего три дня. Подсудимых обвинили в хранении оружия, наркотиков и подделке документов ФАПСИ и МО. О терактах и заказных убийствах никто из прокуроров и судей не заикнулся. Адвокаты справедливо доказывали, что подделки документов не было, так как подсудимые носили подлинные документы сотрудников спецслужб и силовых ведомств, – и пункт о подделке документов из обвинения пришлось исключить. В уголовном деле вообще не было данных об использовании подсудимыми фальшивок (что само по себе явилось веским аргументом в пользу слияния структур Барсукова – Ковалева – Лазовского). Хранение и перевозка наркотиков также исчезли из обвинения, иначе Лазовского и Харисова пришлось бы судить за наркотики, а это серьезная статья.