Переводом в Москву Степашин спас Патрушева от серьезного скандала. В Карелии он попался на хищении и контрабанде дорогостоящей карельской березы, причем по факту преступления прокуратура Петрозаводска возбудила уголовное дело, где изначально Патрушев проходил свидетелем. В ходе следствия, однако, фактически была доказана его вина как соучастника. Вот тут-то Степашин и перевел Патрушева в Москву на очень высокий пост. Для прокуратуры Карелии Патрушев стал недосягаем. Начальник УФСБ по Республике Карелия Василий Анкудинов, который мог бы нам многое рассказать о карельской березе, удачно для Патрушева скончался на 56-м году жизни 21 мая 2001 года.
В июне 1995 года Степашина на посту директора ФСК сменяет Михаил Барсуков. Барсукова летом 1996-го – Николай Ковалев. Но Барсуков и Ковалев не считают Патрушева своим человеком и не продвигают по службе. Тогда Владимир Путин, возглавивший к тому времени Главное контрольное управление (ГКУ) президента, приглашает своего старого знакомого на должность первого зама. Патрушев уходит к Путину.
Дальнейший стремительный рост карьеры Патрушева связан с возвышением Путина. Став в мае 1998 года первым заместителем главы кремлевской администрации, Путин продвигает Патрушева на вакантное место начальника ГКУ президента. В октябре того же года Патрушев возвращается на Лубянку сначала заместителем Путина, назначенного на должность директора ФСБ указом Ельцина 25 июля 1998 года, а затем первым заместителем.
29 марта 1999 года Ельцин назначает Путина секретарем Совета безопасности РФ, сохраняя за ним должность директора ФСБ, а 9 августа 1999 года – премьер-министром России. Подводя итог первым месяцам его правления, «Новая газета» писала: «Давным-давно в весьма демократической стране престарелый президент вручил должность канцлера (премьера) молодому энергичному преемнику. После этого загорелся рейхстаг… Историки так и не ответили на вопрос, кто его поджег, история показала, кому это было выгодно». В России же «престарелый Гарант вручил должность премьер-министра преемнику, которому еще предстоит демократично избраться. Тут же взорвались жилые дома, началась новая чеченская война, которую воспевают оберлжецы».
Эти потрясшие страну события очевидным образом связаны с выдвижением еще одного человека: в день, когда премьер-министром России стал Путин, Патрушев получил пост директора ФСБ. Знающие люди утверждают, что Путин был обречен продвигать Патрушева из-за наличия у Патрушева серьезного компромата на Путина. 16 августа 1999 года Николай Платонович Патрушев был назначен директором Федеральной службы безопасности России.