Но самое удивительное, что и дело Зеленько, арестованного по совсем другим обвинениям, тянущим на обычную уголовщину, тоже вел Индюков, причем до суда дело не довели, а после смерти Рохлина Зеленько без лишнего шума освободили.
На фоне этих странных убийств, спорных расследований и спровоцированных вторжений 4 сентября 1999 года происходит взрыв дома в военном городке в Буйнакске, в Дагестане. Погибли 64 его жителя. Этот теракт однозначно связывали с поражением отрядов чеченских боевиков в Дагестане, хотя чеченцев среди исполнителей терактов не было, а обвиненные в организации взрыва люди утверждали, что невиновны. В тот же день в Буйнакске обнаружили заминированный автомобиль ЗИЛ-130, в котором находились 2706 кг взрывчатого вещества. Автомобиль стоял на стоянке в районе жилых домов и военного госпиталя. Взрыв был предотвращен только благодаря бдительности местных граждан. Иными словами, второй теракт в Буйнакске предотвратили не спецслужбы, а граждане, так же, как и в Рязани.
В ночь на 9 сентября в Москве взлетел на воздух девятиэтажный жилой дом № 19 по улице Гурьянова. От взрыва бомбы погибли 94 человека, 164 получили ранения. Самая первая версия: взрыв газа. Однако уже на следующий день УФСБ по Москве и Московской области сообщило, что «обрушение 3-го и 4-го подъездов дома произошло в результате подрыва бризантного смесевого вещества массой около 350 кг. Взрывное устройство находилось на уровне 1-го этажа. Проведенными физико-химическими исследованиями изъятых на месте происшествия объектов на их поверхности обнаружены следы […] гексогена и тротила».
Сразу же после первого взрыва жилого дома стало ясно, что теракт является делом рук профессионалов. Речь шла не столько об исполнении теракта, сколько о его организации и подготовке. Большой теракт, в котором использованы сотни килограммов взрывчатки, транспорт и люди, трудно подготовить быстро. По мнению многих бывших и действующих сотрудников спецслужб, в том числе бывшего сотрудника ГРУ, полковника в отставке Роберта Быкова, террористы должны были завозить взрывчатку в Москву несколькими партиями на протяжении четырех-шести месяцев. Моделирование терактов показало, что быстрее подготовить такого типа взрывы было невозможно. При построении модели учитывались все этапы: получение заказа, первоначальный расчет по плану дома, выезд на место, корректировка расчета, определение оптимального состава взрывчатки, заказ на ее изготовление, окончательный расчет с поправкой на реальный состав взрывчатки, аренда помещения, завоз туда взрывчатки и т. д. Таким образом, подготовка должна была начаться еще весной 1999 года. В это время чеченцы никак не могли готовиться к терактам в ответ на контрнаступление российских войск, так как в Дагестан чеченцы еще даже не вошли.