Удивительно, но сами чекисты считали теракты делом рук ФСБ. Журналист «Московской правды» Эрик Котляр в статье 10 февраля 2000 года рассказал об одном эпизоде:
«Осенью прошлого года мне довелось встретиться с работником суперсекретной службы. […] И вот что он рассказал: „В тот вечер я приехал поздно. Дома никого не было. Дочка, жена и теща на даче. Только разбил яичницу на сковородку, как за окном раздался оглушительный взрыв. Стеклопакеты прямо влетели в комнаты с клубами гари и пыли! Выскочил на площадку, там соседи в панике. Зачем-то вызывают лифт. Я им кричу: “Спускайтесь по лестнице, лифт может сорваться!” […] Выскочил на улицу, а от середины дома напротив почти ничего не осталось! […] На следующий день кое в чем разобрался и твердо решил: семью увезу из России, жить здесь опасно, а дочка у меня единственная!».
– Но ведь это чеченцы устроили взрывы в Москве…
– Какие там в п… чеченцы, – в сердцах махнул он рукой».
Котляр сделал вывод, что его приятель что-то знает. Уже 10 сентября губернатор Алтайского края Александр Суриков заявил, что «взрывы в Москве связаны с отголосками из Дагестана», но что люди, заинтересованные в терактах, находятся в России и в Москве. Суриков предложил собрать внеочередное заседание Совета Федерации (СФ) для обсуждения вопроса о введении в стране чрезвычайного положения.
В ночь на 13 сентября газета «Московский комсомолец» подготовила в печать статью под названием «Секретная версия взрыва», где пыталась проанализировать случившееся:
«Непосредственно в подготовке теракта чеченские боевики не принимали участия. Судя по картине взрыва, бомбу закладывали специалисты, прошедшие подготовку в российских секретных ведомствах. Дело в том, что все предыдущие теракты, имеющие, как принято считать, чеченский след, совершались по одному и тому же сценарию: около здания взрывался автомобиль с начинкой. Такая машина обычно паркуется перед предполагаемым объектом взрыва всего за несколько часов. Детонатор оснащается часовым механизмом. Даже в случае обнаружения передвижной мины у взрывотехников остаются лишь считанные минуты, чтобы ее обезвредить (как это случилось в прошлое воскресенье у здания военного госпиталя в Буйнакске). […] Такая любовь к заминированным машинам объясняется очень просто. Взрывчатка нынче дорога, а террористы за каждый килограмм тротила или другого вещества платят наличными. И минирование объекта хотя бы за сутки до „часа икс“ чревато провалом – слишком велик риск обнаружения бомбы. […] Картина же взрыва на улице Гурьянова позволяет предположить, что его готовили люди, не привыкшие экономить, – то есть сотрудники спецслужб. […] Эксперты установили, что основной заряд в доме на Гурьянова был заложен в арендуемом помещении – магазине на 1-м этаже. Причем взрывчатка оказалась там задолго до взрыва. Видимо, преступники не мелочились – в случае обнаружения взрывчатки аналогичная акция просто была бы перенесена в другой район столицы. Такая тактика сродни использованию конспиративных квартир, столь любимых спецслужбами всего мира. При провале одной из них операция проходит в другом районе. Специалисты, способные провести такой теракт, во времена СССР служили как в КГБ, так и во 2-м Главном управлении генштаба (более известном как ГРУ)».