Мы не знаем, как прошли последние годы жизни Нефертити, но, поскольку нам ничего о ней не известно, можно предположить, что она умерла вскоре после своего супруга. Возможно, в ходе раскопок, проводимых Египетским исследовательским обществом, удастся что-нибудь обнаружить; вероятно, ее конец был очень печальным.
Спустя год после смерти Эхнатона умер или был смещен Сменкхара. Его сменил на троне другой вельможа, Тутанхатон, женатый на Анкхсенпаатон, второй дочери Эхнатона, которой в то время было всего двенадцать лет. Меритатон в возрасте тринадцати лет стала вдовствующей царицей, а ее сестра сменила ее на троне.
К тому времени снова подняли головы жрецы Амона, что ускорило падение нового культа. Под их давлением Тутанхатон менее чем через год согласился покинуть город Атона и переехать со всем двором обратно в Фивы. Он не отказался полностью от культа Атона, но попытался занять нейтральную позицию, предоставив полную свободу и поклонникам Атона, и поклонникам Амона.
Похоже, что Хоремхеб, главнокомандующей бездействующей египетской армии, являлся одним из лидеров реакционного движения. Его не волновали религиозные вопросы, но именно ему удалось достучаться до каждого египтянина и побудить народ сплотиться перед лицом опасности, исходившей из Азии. Он не сомневался в возможности и законности войны и признавал исключительно принцип «кто силен, тот прав».
Был организован военный поход на север, который возглавил правящий фараон. Источники сообщают, что Хоремхеб был «соратником нашего повелителя на поле сражения в тот день битвы с азиатами».
Эхнатон мечтал о всеобщем мире, который и по сей день остается недостижимой мечтой человечества; Хоремхеб был человеком дела.
После победы новый фараон сменил имя Тутанхатона на имя Тутанхамон и под звуки военных маршей вернулся в Фивы. Отъезд двора из города Атона, похоже, напоминал бегство; можно только догадываться, какие события настолько повысили авторитет реакционной партии, что столица Эхнатона была практически брошена на произвол судьбы.
В ходе раскопок, проведенных Египетским исследовательском обществом, были обнаружены кости собак Эхнатона в царских конурах, похоже, что эти несчастные животные умерли голодной смертью после того, как придворные оставили дворец. В загонах «царской фермы» нашли останки мертвых быков, о которых некому было позаботиться.
Дворцы и роскошные виллы стали прибежищами шакалов и сов, а храмы частично разобрали, и их камень послужил материалом для других построек. Вскоре пески погребли под собой руины, и теперь археологи находят прекрасно сохранившиеся заброшенные дома и сады.