Вопль возмущения в Верхней Германии был столь же громким и угрожающим, как и овации в протестантской Германии, но в Пруссии все было тихо. Горстка рыцарей, слишком старых или не готовых следовать требованиям светского рыцарства, или все еще хранивших верность католицизму, отправились к немецкому магистру в Мергентхайм и были распределены там по монастырям и госпиталям. Те, кто остались в Пруссии, получили посты или фьефы, некоторые женились и основали семейства, став частью класса юнкеров, которым впоследствии прославилась бранденбургская Пруссия. В целом, однако, знать Пруссии мало изменилась по своему составу. Сильно изменилась власть землевладельцев над своими крепостными, которая значительно возросла, когда Восточная Пруссия стала светским государством. Впрочем, знать и горожане так и не получили политического влияния, на которое они рассчитывали после подписания Краковского договора. Великое крестьянское восстание 1525 года стало реакцией свободных крестьян на слух, что их новые господа низведут их до состояния крепостных. Альбрехт легко подавил это восстание, но оно настолько подорвало самоуверенность знати и мелкого дворянства, что они стали смотреть на герцога как на лидера в этих, и других вопросах.
Альбрехт Прусский вскоре оставил попытки стать князем империи. Благодаря этому он получил прощение императора и его защиту от чрезмерных притязаний Польши в будущем. Однако Карл V был далеко или слишком занят проблемами с Лютером и турками, чтобы внимательно отнестись к таким незначительным делам, даже когда у него находилось на это время. В 1526 году, однако, увидев, что произошло в Восточной Пруссии из-за его бездействия, император даровал княжеский титул ливонскому магистру. В 1530 году Карл V назвал немецкого магистра новым Великим магистром ордена, с тем чтобы орден служил политическим целям Габсбургской династии.
Королевскую Пруссию секуляризация управления Восточной Пруссии не затронула, хотя, конечно же, протестантские идеи стали легче распространяться от города к городу. Потенциально жители этой части Пруссии рассматривали себя как автономную немецкоязычную часть польского королевства с правом на независимые решения в области религии. Горожане приветствовали как мирные перспективы, так и распространение лютеранских реформ. Казалось, открылся не только путь к духовному и культурному объединению Пруссии, но и к еще большему усилению власти торгового класса и мелкого дворянства над церковными деятелями, которые были официальными правителями многих городов и большей части сельских владений.