Среди братьев ордена были те, кто протестовал против передачи замков, одного за другим, польским гарнизонам, но и они не могли предложить ничего, чтобы защитить их только своими силами. Только собрав все оставшиеся силы, заняв как можно больше денег на оплату наемников, могли они удержать хотя бы Курляндию, и даже это становилось проблематичным, потому что венценосный патрон Кеттлера не торопился ссужать ему новые суммы.
Ливонский орден все еще формально существовал, хотя большинство его братьев были мертвы или находились в плену. Слишком поздно они нашли способы противостоять превосходству русских в численности. Рыцарей было очень мало, а лучшие командиры пали в боях. Ни одна армия не может воевать, не терпя поражений, если же её тактика включает в себя дерзкие и рискованные действия, число поражений будет еще больше. А единственное поражение при Эрмсе привело к потере самого боеспособного отряда кавалерии. Большинство тех, кто выжил, было готово переложить обязанность воевать на других. Возникающий вакуум силы втягивал в страну чужеземцев.
Паника, последовавшая за поражением при Эрмсе и падением крепости Феллин, в самом сердце страны, не прошла мимо внимания эстонцев, этого упрямого народа, так никогда и не смирившегося с владычеством крестоносцев. Память о предыдущих восстаниях, которые оканчивались горькими поражениями, научила их терпению. Но те, в ком остались отвага и инициатива, видели, что их время пришло, стало возможным сбросить ярмо их угнетателей.
Эстонцы не умели обращаться с оружием, ведь поколения назад они были лишены его, но в 1559 году ливонские рыцари организовали отряды местной пехоты, вооружив их мечами, копьями и щитами. Эти отряды использовались для поддержки мелких частей наемников и феодальной конницы, пытавшихся удержать русских мародеров во время осады Ревеля. Со временем русские прекратили наступление и ушли. Тогда эстонские крестьяне осознали, что, если бы они сражались за русских, а не против них, они могли бы получить независимость, или по крайней мере освободиться от немецкого правления. Царь воодушевлял лидеров заговора восстать, напоминая, что он приветствовал всех, кто перешел на его сторону сразу, и наградил их за службу и верность. Он выслушивал советы эстонцев, использовал их в качестве разведчиков и соглядатаев, посылая их в занятые немцами районы для пропаганды среди тех, кто был готов слушать их. В оккупированных землях он велел своим чиновникам снабжать крестьян посевным зерном, помогать восстанавливать дома и удерживать войска от грабежей и насилия. Напротив, немцы вводили все новые и новые налоги, чтобы оплачивать ведущуюся войну, и призывали всех годных на военную службу, для перевозки припасов и снаряжения или на строительство укреплений.