Если Лукреция могла как-то оправдать родных за убийство Педро Кальдеса, то убийство законного мужа оправданию не подлежало. Она удалилась вместе с сыном в замок Непи под предлогом боязни за жизнь ребенка, не желая иметь никаких отношений ни с отцом, ни с братом. Лукреция положенные полгода носила траур по мужу – одевалась в черное и белое, не принимала гостей, ела только на простой посуде. Александр VI и Чезаре решили ждать, когда она одумается и сама вернется в Рим. И ждали бы они долго, если бы не случай с Гоффредо. Развлечением последнего было похищение понравившихся ему женщин. Но однажды, когда он ворвался в дом, где жила его «очередная жертва», ему было оказано такое сопротивление со стороны мужчин, что он оказался прикован к постели и жить ему оставалось недолго. Его жена Санчия увезла Гоффредо в Неаполь и ухаживала за ним до конца. Для клана Борджиа Гоффредо был потерян. Потерять еще и Лукрецию Борджиа не могли.
Тогда папа пошел на то, что пообещал дочери при условии ее возвращения в Рим и примирения с Чезаре вернуть ей сына от Педро Кальдеса – Джованни. Ради сына Лукреция вернулась и познакомилась с ним, когда он воспитывался у дедушки в Ватикане. Но она так и не могла сказать Джованни, что является его матерью.
Вскоре Чезаре, пройдясь огнем и мечом по землям Италии, стал герцогом Романьи. И укрепляя эту позицию, он вместе с отцом вновь жертвует Лукрецией, выдав ее за наследного принца соседней с Романьей Феррары – Альфонсо д'Эсте, члена одного из стариннейших княжеских семейств в Италии. Отец Альфонсо не желал соединяться с домом Борджиа, но соблазнился огромным приданым Лукреции.
Затем была отпразднована пышная свадьба, о которой Бурхард написал следующие строки: «Свадьбу отпраздновали с такой пышностью, какой не знала даже языческая древность. На ужине присутствовали все кардиналы и высшие придворные духовники, причем каждый из них имел у себя по бокам двух благородных блудниц, вся одежда которых состояла из прозрачных муслиновых накидок и цветочных гирлянд. После ужина 50 блудниц исполнили танцы, описать которые не позволяет приличие, – сначала одни, а потом с кардиналами. Наконец, по сигналу Лукреции накидки были сброшены, и танцы продолжались под рукоплескания его святейшества. Затем перешли к другим забавам. Папа подал знак, и в пиршественном зале были симметрично расставлены в 12 рядов огромные серебряные канделябры с зажженными свечами. Лукреция, ее отец и гости кидали жареные каштаны, и блудницы подбирали их, бегая совершенно голые, ползали, смеялись и падали. Более ловкие получали от его святейшества в награду шелковые ткани и драгоценности. Наконец папа подал знак к состязанию, и начался невообразимый разгул. Описать его и вовсе невозможно: гости проделывали с женщинами все, что им заблагорассудится. Лукреция восседала с папой на высокой эстраде, держа в руках приз, предназначенный самому пылкому и неутомимому любовнику».