После торжеств для молодого царя начались тяжелые будни. Страна была разграблена и лежала в руинах. Со всех сторон ее окружали враги. Денег в казне не было. Первое время большую помощь в управлении государством царю оказала мать, помогали и ближние бояре, большей частью царские родственники. Новый Земский собор принял решение об оказании помощи в сборе средств для армии. Помогли и купцы Строгановы, дав в долг денег, сукно и продовольствие для ратных людей. Уже к следующему году были одержаны первые победы. В 1614 году был схвачен и сурово наказан атаман Заруцкий, Марина Мнишек заточена в Коломне, а ее сын Иван повешен. В 1617 году был подписан Столбовский мир со Швецией, по которому к России возвращался Новгород и прилегающие земли. Но самыми трудными для молодого царя стали переговоры с поляками. Первые попытки в 1616 году окончились вооруженным столкновением. Затем на Москву двинулся Владислав с большим войском. Михаилу с большим трудом удалось организовать оборону столицы – поляки были отброшены от ее стен. Неудачей закончилась для Владислава и осада Троице-Сергиевой лавры. Все это вынудило поляков в 1618 году сесть за стол переговоров, и 1 декабря 1618 года было подписано Деулинское перемирие с Речью Посполитой сроком на 14 лет. По нему Смоленск и ряд других городов оставались за Польшей, которая не признала законной власть Михаила Романова. Но большим успехом перемирия стало то, что все пленные, в том числе и Филарет, возвращались на родину.
14 июня 1619 года Филарет вернулся в Россию и с огромной радостью был встречен сыном-царем и женой (дочь Татьяна к тому времени уже скончалась) Официально он считался Ростовским митрополитом, но уже через 10 дней после возвращения решением Собора русского духовенства он был посвящен в сан патриарха. Чтобы еще больше возвысить отца, Михаил Федорович присваивает ему титул «Великого государя», а в дальнейшем дает ему грамоту с правом судить любое духовное лицо и собирать оброк с церковных имений – ранее среди прежних иерархов такой властью не обладал никто. Филарет стал официально соправителем сына. Царь Михаил Федорович и патриарх Филарет оба писались государями, все государственные дела решались совместно, а иногда патриарх брал на себя и единоличное решение того или иного вопроса.
Первым из церковных дел патриарха стало, разбирательство об исправлении церковных книг, которое начали книжники Троице-Сергиевой лавры под руководством архимандрита Дионисия. Они сочли, что за годы Смуты многие служебные книги стали непригодными, так как в них появились ошибки. Инициатива троицких книжников не понравилась другим представителям духовенства, которое подвергло Дионисия и его сторонников опале, сочтя эти правки еретическими. Для разбирательства Филарет привлек Иерусалимского патриарха Феофана, который решил вопрос в пользу Дионисия и его помощников. Они были оправданы и возвращены на прежние должности, а их противникам пришлось смириться, а некоторые из них были вынуждены отправиться в ссылку.