Ежи везет Отрепьева в Краков, где последний заручился благосклонностью короля, ряда вельмож, папского нунция и иезуитов.
В мае они вернулись в Самбор, где Отрепьев письменно обязуется жениться на Марине и подарить ей из царской казны много «серебра столового и лучших драгоценностей», а ее отцу – 1 миллион польских злотых на уплату долгов и на путевые издержки невесты.
В сентябре 1604 года Лжедмитрий и Юрий (так в дальнейшем будет именоваться Ежи Мнишек) пошли в поход на Москву.
По воцарению в Москве Лжедмитрий не забывал Мнишеков. В начале ноября 1605 года Отрепьев присылает в Краков торжественное посольство за разрешением жениться на Марине и просит короля Сигизмунда дать согласие ей и ее отцу выехать в Москву. И 22 ноября в Кракове состоялось заочное бракосочетание Марины и Лжедмитрия. Подарки, присланные из Москвы, невесте, тестю и королю Сигизмунду единодушно вызывали удивление своей роскошью. В марте 1606 года Марина Мнишек в сопровождении огромной свиты выехала в Москву. Ее везде приветствовали как московскую царицу, а въезд в столицу в окружении множества родственников, друзей и придворных был обставлен очень торжественно.
18 мая 1606 года были совершены коронация и вторичное бракосочетание Марины и Лжедмитрия. Оба этих обряда были совершены по православному канону (хотя Марина не имела никакого разрешения на это от папы, но честолюбие оказалось сильнее привязанности к католической церкви).
Но уже 27 мая 1606 года в Москве вспыхнул открытый бунт против Лжедмитрия. О бунте молодых предупредил Басманов и предложил им спасаться. Разъяренная толпа была уже во дворце, и бежать царице не удалось. Она спряталась в комнате, служившей спальней для женщин ее свиты. Казановская – гофмейстерина Марины Мнишек – сказала ворвавшимся в покои людям, что царицы нет, так как она еще утром отбыла к отцу. Из покоев толпу прогнали подоспевшие бояре, а для охраны царицы поставили стражу, которая вскоре стала охранять ее уже как пленницу. Правда, содержали ее под стражей достаточно пристойно.
После воцарения Шуйского ее вернули отцу. Она держалась бодро, не пала духом и говорила своему окружению, начинающему было ее утешать: «Избавьте меня от ваших безвременных утешений и слез малодушных. Признанная однажды за царицу сего государства, никогда не перестану быть ей».
26 августа Марина с отцом по царскому повелению были отправлены на жительство в Ярославль, куда за ними последовало 375 поляков, включая всех придворных дам и фрейлин Марины. Здесь им было суждено прожить около двух лет. Шуйский – как и сама Марина, и ее отец – помнил, что она – венчанная московская царица. Поэтому с ними было велено обращаться «помягче».