В феврале 1718 года Апраксин по подозрению в организации побега царевича Алексея был взят под стражу, отправлен в Москву и лишен имения. Но по дальнейшему ходу дела Апраксин был признан невиновным и ему было возвращено все конфискованное имущество. В том же году он принял участие в судебном процессе по делу царевича Алексея и в числе других подписал ему смертный приговор. В 1722 году Апраксин был назначен президентом Юстиц-коллегии. В день бракосочетания цесаревны Анны Петровны с голштинским герцогом Карлом-Фридрихом Апраксин был пожалован в действительные тайные советники.
Талантом военачальника обладал младший брат Петра Матвеевича Апраксина – Федор. Вся его деятельность была тесно связана с российским флотом, который он страстно любил и которому отдавал свои знания и опыт.
Родился Федор Матвеевич 27 октября 1661 года, хотя дата эта не бесспорна и некоторые исследователи считают его годом рождения 1671-й, что вполне вероятно, если учесть, что службу он начал в возрасте 10 лет в должности стольника у царя Федора Алексеевича, а после его смерти в том же звании стал служить Петру I. Юный царь определил своего стольника и друга в потешные войска, в Семеновский полк. Федор находился с молодым государем на суше и море, сопровождая его во всех поездках. И после одной из них, к Белому морю в 1693 году, он был назначен двинским воеводой и направлен в Архангельск. Этот город в то время был единственным портом России на севере, через который осуществлялась вся торговля с заграницей. Находясь в Архангельске, Апраксин осуществил постройку первого казенного купеческого корабля на верфи в Соломбале и посылал его за границу с торговой миссией. За годы управления в Архангельске Апраксин сумел заложить там основы военного и торгового судостроения.
В 1696 году Апраксин принимал участие в азовском походе. Уезжая с посольством за границу, царь Петр оставляет Апраксина осуществлять надзор за судостроением на воронежской верфи. В августе 1699 года, уже после возвращения Петра, Апраксин участвует в первых маневрах русского флота. В феврале следующего года Федор Апраксин становится главным начальником Адмиралтейского приказа, получив титул адмиралтейца. В это же время он получает назначение на должность азовского губернатора. За 6 лет он смог многое сделать для развития нового российского флота – построены новые суда, город Азов перестроен, а построенный Таганрог имел удобную гавань для военных кораблей и Троицкую крепость. В устье реки Миус была также возведена Павловская крепость. Кроме этого была перестроена воронежская верфь и заложены новые – в Таврове и Новопавловске, снабженные удобными доками и шлюзами.