В 1703 году Евгений Савойский вернулся в Австрию и был назначен председателем гофкригсрата, и к нему перешло высшее руководство военными делами империи. На этой должности Евгений подготовил ряд реформ, улучшающих и укрепляющих императорскую армию. Среди мероприятий, проведенных им, были: реформа об отмене продажи чинов на военной службе, создание сильной подвижной кавалерии, организация складов хранения припасов и в связи с этим постановление, запрещающее нахождение армии более чем в пяти днях пути от главного магазина. Также он уделял большое внимание жизни и службе простых солдат. В том же году под его руководством было подавлено восстание Ференца Ракоци, вспыхнувшее в Венгрии.
В 1704 году Евгений Савойский вернулся к действительной службе и вместе с герцогом Мальборо одержал победу над франко-баварскими войсками при Бленхейме 13 августа 1704 года. Во время битвы Евгений нанес главный удар по левому флангу французских войск. В лобовой фронтальной атаке он проявил себя таким же мастером, как и в реализации дерзких неожиданных нападений на противника. И хотя его атака была дважды отражена, Евгений смог не только повторить ее, но и поддержать герцога Мальборо, войска которого контратаковали французы. Триумф этого сражения был достигнут благодаря блестящему содружеству двух великих военачальников. Их отношения были настолько гармоничными, а сотрудничество лишено и тени эгоизма, что они нашли свое отражение в медали, отчеканенной в честь победы, на которой Евгений Савойский и герцог Мальборо изображались как мифологические братья-близнецы Кастор и Полидевк. Эта победа сразу привела к отпадению Баварии от союза с Людовиком XIV.
В 1705 году Евгений Савойский был послан в Испанию, где воспрепятствовал успехам Вандома. Однако вершиной его военного искусства в войне за испанское наследство по праву считается кампания 1706 года. В этой кампании Евгений Савойский поставил своей целью завоевание всей Италии.
Первоначально Евгений Савойский был вынужден отступить на восток до озера Гарда и далее в горы, в то время как его союзник герцог Савойский был осажден в Турине. Но вместо того чтобы попытаться с боем прорваться вперед, Евгений Савойский обманул противника хитрым маневром. Вместе со своей 24-тысячной армией он совершил трудный и смелый переход через горы по правому берегу реки По, завершив его разгромом под Турином 80-тысячной армии французов. Евгений Савойский не задумываясь пожертвовал своей базой, однако выиграл сражение за всю Италию, которую не спасли и 33 крепости, занятые французскими гарнизонами.