После возвращения в Италию Помпей участвовал в заключительном этапе борьбы с восставшими рабами под руководством Спартака. К моменту его прихода основные силы восставших были уже разгромлены Крассом, но слава победителя Спартака досталась Помпею. Затем он соединился с оптиматами, которым обещал в случае достижения консульства провести законы в демократическом духе с целью отмены конституции Суллы. Подойдя с войском к Риму, Помпей потребовал себе консульства и триумфа, а солдатам – предоставления земельных участков. Это позволило ему выиграть выборы. Согласно новым правилам, принятым по предложению Помпея, народные трибуны восстанавливались в своих правах, всадники получали одинаковое с сенаторами право участия в судах, цензорам возвращена была прежняя власть.
Войско было целиком на стороне Помпея, римское население также было благожелательно настроено к нему. Все это заставляло противников молчать. Однако и сам Помпей не решался пойти на крайние шаги и, достигнув ближайшей цели, распустил войско и сложил с себя полномочия консула.
До 67 года до н э. Помпей жил как частный гражданин, но в том году сенат принял два закона, предложенных сторонником Помпея Габинием: первый – об отозвании Лукулла из Азии, где велась война с Митридатом, второй – о назначении главнокомандующего для борьбы на море с пиратами. Последний закон был предложен непосредственно для Помпея.
Согласно этому закону, главнокомандующему в предстоящей войне давалась на три года власть над всем Средиземным морем и его береговой полосой по всей его окружности, а также предоставлялось право пригласить 15 сенаторов в звании преторов и квесторов и право производить неограниченный набор войска. Главнокомандующий мог распоряжаться столичной и провинциальной кассами, единовременно получая 144 миллиона сестерциев.
Несмотря на сильное противодействие со стороны противников Помпея – Пизона, Катулла и других, избрание Помпея было восторженно встречено римским населением. Помпею было даже разрешено увеличить свое вооружение и вместо 15 иметь с собой 24 претора. Весной 67 года до н э. Помпей с сильным войском (120 тысяч пехоты и 5 тысяч всадников) на 500 кораблях вышел в море. Для более успешной борьбы и поиска пиратов Помпей предварительно разделил морскую «территорию» на 13 округов и поручил каждый отдельный округ специальному легату.
На первом этапе Помпей решил очистить от пиратов сицилийские и африканские воды. Это ему удалось сделать за 40 дней. Затем с 60 лучшими кораблями Помпей отправился в сердце пиратов – Киликию, где взял Антикрат. Были уничтожены стоянки и замки пиратов, захвачено около 400 кораблей и истреблено до 10 тысяч человек. Так завершилась война в области восточного бассейна Средиземного моря, и уже летом того же года на Средиземноморье началась мирная жизнь, торговля вновь стала процветать.