Сторонники Птолемея добились, чтобы население Александрии восстало против римлян. Небольшое войско Цезаря вместе со сторонниками Клеопатры было окружено в приморском дворце египетских царей. Всю зиму 48/47 годов до н э. армия Цезаря выдерживала осаду и только весной следующего года после получения подкреплений Цезарю удалось нанести поражение армии египетского царя на берегах Нила.
Как только Цезарь выиграл битву на Ниле, он узнал, что сын покойного царя Понта Митридата VI Евпатора Фарнак переправился через Понт Эвксинский и, разбив небольшие римские отряды, овладел не только территорией бывшего Понтийского царства, но и Вифинией, создав при этом угрозу для римской провинции Азия. Совершив поход в северную часть Малой Азии, Цезарь близ города Залы наголову разгромил войска Фарнака, который погиб во время бегства. Сообщая об этой победе, Цезарь писал, что он «пришел, увидел, победил» (veni, vidi, vici).
Цезарь вернулся в Рим и успокоил волнение среди легионеров, выплатив им задержанное жалованье. Чтобы собрать необходимые средства, он конфисковал, частично продал и частично раздал ветеранам земельные владения своих бывших противников. Теперь он, наконец, решил покончить с остатками войск своих противников, которые оставались в Северной Африке и Испании.
Цезарь начал свою Африканскую кампанию 46 года до н э. с недоукомплектованным войском. Его противник обладал численным превосходством и едва не заманил войска Цезаря в ловушку. Однако Цезарю удалось выйти из нее и укрепиться в лагере близ Руспена в ожидании остальных легионов. В течение нескольких месяцев он просидел в лагере даже после прибытия подкреплений. Непрестанно маневрируя, Цезарь наносил небольшие, но молниеносные удары, которые сказывались прежде всего на моральном состоянии противника, из армии которого все более увеличивался поток дезертиров.
Наконец после выхода к базе противника у городка Тапса Цезарь создал благоприятную обстановку для победы над противником. Его войско стремительно бросилось в атаку и выиграло сражение. После взятия главной базы большинство городов капитулировало.
После окончания войны в Африке Цезарь отпраздновал в Риме четыре роскошных триумфа (галльский, египетский, азиатский, африканский).
Однако оставалась еще Испания, в которой сыновья Помпея собрали большую армию. В кампании 45 года до н э. Цезарь, стремясь избежать больших потерь, беспрестанно маневрировал, вынуждая противников занять невыгодную позицию. Благодаря этой тактике Цезарю удалось добиться победы на юге Испании у местечка Мунд. Победа обошлась Цезарю дорогой ценой; сообщая о ней сенату, Цезарь писал, что если в других боях он сражался за победу, то в битве при Мунде он сражался за жизнь.