Шувалова особенно поразил тот факт, что сразу после катастрофы матросов с «Марии» под конвоем препроводили в казармы флотского экипажа, где они находились до конца следствия. В силу каких-то загадочных причин, пережившим трагедию людям в течение нескольких дней было отказано в выдаче постельных принадлежностей, нового обмундирования, элементарной медицинской помощи. Когда они попытались донести до сведения начальства свое недовольство, на них натравили жандармов. Скорее всего, виновниками волокиты были чиновники интендантского ведомства, но наказанию подверглись несколько матросов, объявленных зачинщиками бунта.
Комиссия морского министерства провела тщательное расследование, но не смогла точно установить, из-за чего погиб линкор. В своем заключении она указала, что с определенной уверенностью можно говорить о следующих причинах пожара в хранилище боезапаса: – самовозгорание пороха, небрежность в обращении с огнем или порохом, злой умысел. Однако «прийти к точному и доказательно обоснованному выводу не представляется возможным, приходится лишь оценивать вероятность этих предположений, сопоставляя выяснившиеся при следствии обстоятельства».
Старший офицер «Марии» Городысский твердо отстаивал версию, согласно которой виновником случившегося был дежурный по первой башне комендор Воронов. Раскладывая пороховые полузаряды по местам, он уронил один из них, отчего тот вспыхнул и вызвал пожар во всей крюйт-камере. Даже не сведущему в морском деле Шувалову была ясно видна личная заинтересованность Городысского в таком объяснении причин катастрофы, потому что именно он отвечал за порядок на линкоре. Комиссия выявила множество нарушений в несении службы, которые в совокупности создавали все условия для беспрепятственного совершения диверсии. Так, в обход устава у старшего офицера хранился второй, так называемый расходный комплект ключей от погребов с боезапасом. Но главное, в хранилище снарядов можно было легко попасть, минуя запертые двери, поскольку с горловин крюйт-камеры «для удобства подачи зарядов» были сняты запиравшиеся на замок крышки.
Петр обратил внимание, что комиссии так и не удалось выяснить личности посторонних людей, побывавших на борту «Марии» накануне взрыва. Ежедневно на линкоре производились разного рода доделочные работы, для чего с берега прибывало более сотни рабочих. Поименную проверку, равно как и тщательный осмотр их вещей, никто не проводил. В деле оказалось свидетельство одного из матросов, как глубокой ночью он встретил двух мастеровых, бродивших по кораблю с фонарями. Кто они, что делали, а главное – куда подевались, осталось загадкой.