Началась вторая мировая война. С первых же дней войны начались переговоры Швеции с Англией и Германией, причем тактика шведов заключалась в том, чтобы договориться как можно быстрее с англичанами и, в зависимости от результатов, с немцами. В переговорах же с Германией они ссылались на экономические, деловые соображения. И в тех и других переговорах принимали участие не только правительственные чиновники, но и крупные финансисты, например, банкир Якоб Валленберг в торговых переговорах с Германией и его младший брат Маркус Валленберг в торговых переговорах с Англией.
Учитывая важность англо-шведских и шведско-германских экономических связей, в Лондоне была учреждена постоянная экономическая англо-шведская комиссия, такая же, только шведско-германская, комиссия собиралась то в Берлине, то в Стокгольме.
После нападения Германии на Советский Союз поднялась новая волна реакции в Швеции. Многие шведские газеты писали, что Швеция должна немедленно сделать свой выбор и присоединиться к борьбе Германии против «восточного варварства». Антисоветская кампания приняла столь значительные размеры, что вынудила советского полпреда А. М. Коллонтай обратить внимание премьер-министра Швеции Ханссона на тон шведских газет и особенно газеты «Социал-демократен», несовместимый с политикой строгого нейтралитета, провозглашенной шведским правительством. Информационное управление шведского правительства обсуждало в этой связи меры воздействия на газеты и планировало даже оказать на них экономическое воздействие с помощью банкиров М. Валленберга и X. Манихеймера.
Советско-шведские отношения после начала войны ухудшились. Правда, по просьбе советского правительства Швеция формально взяла на себя обязательства по защите интересов граждан СССР в Германии. Шведские фирмы продолжали выполнять полученные ранее советские заказы, которые оставались на складах ввиду невозможности их вывоза. Однако шведские власти оказывали значительную помощь германской и финской армиям в наиболее сложный для Советского Союза период Отечественной войны. 25 июня 1941 года шведское правительство согласилось пропустить по железной дороге 163-ю германскую дивизию из Осло в Северную Финляндию.
В годы войны главным внешнеторговым партнером Швеции стала Германия. После вторжения гитлеровской Германии в Данию и Норвегию Швеция оказалась отрезанной от своих прежних рынков, которые поглощали перед войной 70% ее экспорта. Торговля же с Германией увеличилась на 33%. В 1941 году более 50% шведского импорта шло из Германии, а шведский экспорт в Германию составлял лишь 40%.