Как это часто случалось, уже бывшее на слуху название стиля применили к несколько другой музыке. Аудитория середины девяностых стала называть эмо уже не команды, вышедшие из панк-рока/хардкора, вроде Rites of Spring или Embrace, а инди-рок группы – Boy’s Life, Cap’n Jazz, а чуть позже – The Promise Ring, Braid, Elliott, Bright Eyes, Cursive, The Get Up Kids. Назвать эти группы «эмо-кором» уже было нельзя – слишком далеко их звучание ушло от хардкора начала восьмидесятых. Некоторые любители углубиться в терминологию даже придумали разделение на хардкор-эмо – группы первой волны – и инди-эмо – вторая волна. (Существует, правда, еще одна классификация, по которой первая волна названа «эмо-кор», вторая – просто эмо, а третья – «хардкор-эмо», так что запутаться во всем этом – как нечего делать. )
Отличие второй волны эмо было и в том, что не существовало одной «главной» сцены, как вашингтонская для первой волны. Группы появлялись по всей Америке. Одним из центров неожиданно стал Средний Запад США – штаты Иллинойс, Канзас, Милуоки, до этого не игравшие никакой особой роли в рок-музыке. Еще одна заметная эмо-сцена образовалась в округе города Феникс, штат Аризона, где панк-рокеры из группы Jimmy Eat World под влиянием Fugazi и Sunny Day Real Estate стали играть эмо и выпустили в 1996 году альбом «Static Prevails». Этот альбом можно назвать первым эмо-альбомом, выпущенным на мейджоре «Capitol Records».
Другие группы волны инди-эмо – Christie Front Drive из Колорадо, Texas Is the Reason и Rainer Maria из Нью-Йорка, калифорнийские составы Knapsack и Sense Field, Cross My Heart из Балтимора, Mineral из Бостона и Piebald and Jejune из Бостона.
Если звучание эмо-групп первой волны еще можно было более или менее легко отличить хотя бы от панк/хардкор групп, то с инди-эмо все выходило гораздо более расплывчато, и сказать, чем точно отличается инди-эмо группа от десятков других инди-рок групп, было уже не так просто. Например, кто-то относит к инди-эмо альбом группы Weezer «Pinkerton» и даже считает его одним из основных эмо-релизов девяностых годов, хотя другие утверждают, что сходство чисто поверхностное, и дальнейшие записи группы это подтвердили.
Несмотря на общий интерес мейджоров к альтернативной сцене, в девяностые годы они подписали достаточно мало эмо-команд. Одна из причин была в том, что многие группы особенно и не стремились к контрактам с мейджорами, предпочитая оставаться независимыми. В этом вторая волна походила на первую – полностью выросшую из панк-культуры DIY и самиздатовских зинов. С другой стороны, некоторые просто боялись, что мейджоры выжмут из них все соки и мало чем реально помогут – как это случилось с Jawbox или Jawbreaker. Внутренние конфликты в группе из-за разногласий насчет того, заключать ли контракт с мейджором, привели к распаду некоторых команд, например Texas Is the Reason и Mineral.