Шестнадцатилетний сын Годунова Федор, также был убит сторонниками самозванца. 20 июня 1605 года «царь Дмитрий Иванович» торжественно вступил в Москву. Правда, взойдя на трон, обещания, данные полякам, он выполнять не спешил. Ни о территориальных уступках, ни о введении католицизма и речи не было. Однако, придя к власти на иностранных штыках, особой любви среди своих подданных он также не сыскал. Лжедмитрий I повел себя необычно для русского царя. Он лично принимал челобитные, в одиночку разгуливал по городу, не соблюдал степенных дворцовых обычаев. Православное духовенство опасалось царя, пренебрегающего православием, носящего европейское платье, женатого на католичке. Военные и бояре были обижены близостью к царю поляков.
На свою беду Григорий Отрепьев не чувствовал, сгущающихся над головой туч. Свадьба Лжедмитрия с Мариной Мнишек явилась последней каплей переполнившей чашу терпения бояр. В ночь с 16 на 17 мая 1606 года в Москве произошел государственный переворот. Лжедмитрий I был убит, его труп сожжен, а пеплом заряжена пушка, из которой выстрелили на запад, в ту сторону, откуда он пришел. Безвластие продолжалось только два дня, и уже 19 мая сторонники боярина Василия Шуйского «выкрикнули» его имя в толпе в качестве нового царя. По происхождению Василий Шуйский имел больше прав на престол, чем любой другой Рюрикович. Однако никакой законной процедуры, хотя бы ее видимости, соблюдено не было. Шуйского, в отличие от Годунова, не избирали Земским собором, а потому и легитимность его избрания была еще более спорной, что давало повод для неповиновения центральной русской власти. Большинство бояр (Голицыны, Мстиславские, Романовы и другие) были настроены против царя Василия, вновь считая себя обойденными. В результате смута на Руси ширилась и углублялась.
По городам пошли слухи, что «царю Дмитрию» опять удалось спастись от заговорщиков-бояр. «Вечно живой» царевич Дмитрий, даже не имея своего телесного воплощения, вновь приводил страну к гражданской войне. Сразу после известия о вступлении Шуйского на престол, Москве отказались повиноваться почти все юго-западные и южные города, восстала Астрахань. Брожение началось в Перми и Вятке, в Новгороде и Пскове. На Украине, через территорию которой совсем недавно шел на Москву из Польши «царевич Дмитрий», стали собираться отряды для защиты прав свергнутого Шуйским царя. Повстанцы действовали против Шуйского именем «вновь спасенного» царевича Дмитрия. Вождь начавшегося мятежа Иван Болотников, поднял к тому же еще и знамя социальной борьбы. В своих «воровских листках» он призывал холопов, крестьян и казаков убивать бояр и богатых, обещая в награду чины, имения и жен убитых.