Лишь после упорной борьбы лишь войскам под командованием самого Шуйского удалось разбить мятежников и взять Тулу, где засели остатки войск Болотникова. Осажденные защищались отчаянно. Сдались они только тогда, когда город был затоплен водами запруженной реки. Своей борьбой они дали возможность для появления нового «воплощения» царя Дмитрия Ивановича. Пока Василий Шуйский громил мятежников под Тулой, 12 июня 1607 в городе Стародубе, новый самозванец сам объявил себя спасшимся царем Дмитрием и был сразу торжественно признан. Ближайшие города немедля перешли на его сторону. Грамоты Лжедмитрия II и слухи быстро распространялись по Руси и Польше, и к нему потянулись ратные люди. В середине октября его воеводы уже занимали несколько крупных городов, но силы его сильно уступали правительственным войскам. Тут Василий Шуйский допустил серьезную ошибку: вместо того, чтобы немедленно после победы погасить и остальные очаги смуты, он поспешил в столицу праздновать взятие Тулы. Получив передышку, Лжедмитрий II перегруппировался и двинулся вглубь России. Война вспыхнула с новой силой. На этот раз военное счастье улыбнулось Лжедмитрию II – в начале июня 1608 года он был уже под Москвой и расположился лагерем в Тушине (к северо-западу от Москвы), за что современники и прозвали его Тушинским Вором. Многочисленные отряды повстанцев блокировали Москву, перехватив ведущие в нее пути и затруднив, таким образом, подвоз провианта. Они осадили Троице – Сергиев монастырь и рассеялись по стране, приводя ее к присяге на имя царевича Дмитрия. Из крупных центров, только Нижний Новгород, Казань, Коломна, Рязань и Смоленск, сохранили верность Шуйскому, остальные перешли на сторону Тушинского Вора.
Такая ситуация не позволяла надеяться на скорое освобождение столицы и страны собственными силами. Необходимо было найти выход из тупика с помощью дипломатических методов. Однако Василий Шуйский был, наверное, самым неудачным и несчастливым русским царем – практически все его начинания заканчивались катастрофами. Вот и на этот раз идея была предельно простой: заключить перемирие с поляками, на поддержке которых держался Лжедмитрий II, лишить его их помощи, и таким образом покончить со смутой убивавшей наше государство. Но все получилось по-другому. Заключенный договор с Польшей не был выполнен, поляки, находившиеся в войске самозванца, отказались его оставить. Зато отпущенная Шуйским из плена жена Лжедмитрия I Марина Мнишек, признала в новом самозванце своего мужа, будто бы спасшегося от гибели. Это окончательно убедило всех сомневающихся, что Лжедмитрий II и есть истинный русский царь Дмитрий Иванович. После этого провала Василий Шуйский автоматически становился в глазах своих подданных узурпатором…