Что касается Нагих, то самые важные данные могла бы сообщить, разумеется, сама мать царевича, Мария. Однако сан царицы не позволял ей выступить с показаниями при допросе. Поэтому ее оставили в покое с ее материнским горем. Три брата Нагих, напротив, не избегли дачи показаний; при этом самая важная роль выпала на долю князя Михаила. Ему задавали самые предательские вопросы; комиссия во что бы то ни стало хотела добиться от него признания в злодействе; однако князь не поддался на уловки и смело бросил в лицо следователям свой вызов. По его словам, в субботу, 15 мая, он услышал набат. Испугавшись пожара, он бросился ко двору. Здесь увидел убитого царевича. Осип Волохов, Микита Качалов и Данила Битяговский умертвили младенца. Сбежался народ, привлеченный набатом; толпа бросилась на убийц и растерзала их вместе с другими сообщниками. Что касается самого князя, то он был ни при чем в этой расправе: он не приказывал убивать никого. На него просто возвели гнусную клевету.
Заявление Михаила Нагого могло быть чревато самыми серьезными последствиями. Как мы знаем, царевичу было всего восемь лет. Конечно, у него не могло быть личных врагов; единственное, чем он мог возбудить темные чувства, были его наследственные права на власть. Возникал вопрос: уж не послал ли к нему наемных убийц какой-нибудь тайный честолюбец? Легко понять опасность этой догадки: естественно, что следователи желали уничтожить ее в самом зародыше. Вот почему они немедленно изменяют все направление своей работы, теперь главной задачей их является опровергнуть или, по крайней мере, ослабить главное показание князя Михаила. Для этой цели весьма нетрудно было воспользоваться свидетельством двух других Нагих — Андрея и Григория. Оба они вместе с Михаилом прибежали ко дворцу и вообще находились в одинаковых с братом условиях. И, однако, они не только не видели того, что видел старший брат, но, напротив, успели заметить совсем другое. Таким образом, вся ответственность за смелое показание падала на одного князя Михаила. Но этого мало. Явился еще новый свидетель: это был некий Русин Раков — какая-то темная личность из категории низших служащих. Он разыграл роль раскаявшегося соучастника злодейства и раскрыл целый заговор, который окончательно скомпрометировал старшего Нагого. По словам Ракова, князь Михаил намеренно натравил толпу на мнимых убийц и погубил совершенно невинных людей: он хотел, будто бы, чтобы эти несчастные жертвы были признаны за настоящих преступников. Сам Раков, по приказанию князя, зарезал 18 мая курицу; в ее крови он смочил ножи и огнестрельное оружие, а затем положил его возле трупов. Таким образом, князь Михаил хотел выгородить толпу и себя самого, как ее подстрекателя. Пусть-де видят, что убиты были вооруженные люди, которые — ясное дело — пустили в ход свое оружие. Конечно, для того чтобы эта хитрость удалась, нужно было, чтобы она осталась тайной для московских следователей. Поэтому шесть раз в течение одного дня князь Михаил требовал к себе Ракова и брал с него клятву, что тот будет молчать. Раков так и делал. Но затем он одумался и решил сам прийти в комиссию, чтобы повиниться и загладить свой проступок.