Едва закончилось триумфальное вступление Дмитрия в Москву, как в столице уже возник заговор против нового царя. Это явилось как бы отрезвляющим призывом вернуться к действительности. Конечно, никто не решился бы открыто противостоять стихийному увлечению народа. Предатель ковал свои планы тайно. Однако замысел его обнаружился. В этом эпизоде все представляется загадочным. Главой заговора был Василий Шуйский, этот подлинный сфинкс тогдашней Москвы. Некогда он служил Годунову, затем признал законным царем Дмитрия; но едва лишь ему удалось попасть в милость к новому государю, как он опять уже начал плести свою паутину. В письме от 14 июля отец Андрей в самой неопределенной форме обвиняет Шуйского в распространении враждебных царю толков: по его словам, князь Василий старается представить Дмитрия простым орудием в руках поляков и иезуитов; он называет его врагом истинной веры и уверяет, что самозванец собирается разрушить православные церкви. Другие свидетели предъявляли к Шуйскому более определенные обвинения. Если верить им, князь Василий прямо говорил, что Дмитрий вовсе не сын Ивана IV, а беглый монах Гришка Отрепьев. Во всяком случае, несомненно, что вопросы, возбужденные Василием, имели чрезвычайно важное значение. Этим и объясняется, почему Дмитрий решил безотлагательно осведомить об этом деле наиболее видных сановников своего государства.
Все это происходило в первых числах июля, тотчас после торжественного въезда Дмитрия в Москву и накануне его венчания на царство. По-видимому, целью Шуйского было воспрепятствовать утверждению самозванца на престоле. Трудно сказать, однако, надеялся ли он уже тогда сам заменить Годунова на московском троне… 9 июля бояре и высшее духовенство собрались на чрезвычайное совещание; предметом его должно было явиться дело Шуйского. Сам царь выступил в роли обвинителя. Речь, произнесенная им, была настоящим образцом ораторского искусства. Клеветнические наветы Шуйского рушились; негодование судей было настолько единодушно, что, в результате совещания, виновному был вынесен смертный приговор. Решение суда было утверждено Дмитрием. Сама казнь должна была состояться на следующий день.
10 июля все было готово для исполнения смертного приговора. Бесчисленные толпы народа собрались посмотреть на страшное зрелище. Шуйский уже готовился положить голову на плаху. Палач уже замахивался своим топором… Но, вопреки всеобщему ожиданию, осужденный избег гибели: оказалось, царь помиловал его. Чем было продиктовано это внезапное решение? Явилось ли оно актом великодушного порыва? Подсказано ли оно было необходимостью или политическим расчетом?.. Трудно ответить на это вполне определенно. Во всяком случае, если царь надеялся на признательность Шуйского, то он горько заблуждался. Дело измены продолжало зреть.