Второй этап начался в 1958 г. Здесь прежде всего следует отметить К.П.Флоренского, ученика академика В.И.Вернадского. Именно под руководством Флоренского в 1958, 1961 и 1962 гг. были проведены экспедиции АН СССР в район падения ТМ.
Экспедиция 1958 г. обследовала обширный район лесовала и составила его карту. При этом ни в Южном болоте, ни в других местах не были обнаружены метеоритные кратеры. Окончательно была установлена термокарстовая природа воронок. Найденные в пробах почвы металлические вкрапления уже не приписывались метеориту: такие шарики были обнаружены и под Москвой, и под Ленинградом, и в Антарктиде, к даже на дне океана. Это, как выяснилось, была обычная космическая пыль или фрагменты земного происхождения.
Все данные экспедиции Флоренского свидетельствовали о том, что метеорит не достиг земной поверхности, а взорвался в воздухе. Не обнаружив в районе катастрофы метеоритного вещества, эта экспедиция установила совершенно новое явление – аномально быстрый прирост деревьев.
За дело взялись молодые ученые. Молодежь уже не могла удовлетворяться пассивными обсуждениями известных материалов и выдвижением умозрительных гипотез. Именно поэтому группа научных работников, аспирантов и студентов томских вузов решила предпринять экспедицию в районе тунгусской катастрофы. Руководителем этой группы был физик и врач Г. Плеханов.
После длительной подготовки 10 парней и 2 девушки 30 июня 1959 г. Впервые прибыли на место катастрофы. Этот день стал датой рождения КСЭ. Первая экспедиция КСЭ была и самой многоплановой: Шло изучение вывалов леса и района пожара, искали вещество, проводили магнито– и радиометрическую съемку. Последнюю особенно активно вела группа А. Золотова, геофизика из Башкирии. Скажем сразу, исследования не увенчались успехом, но этой экспедицией были заложены принципы работы, направления поисков, которые углубляются и развиваются до сегодняшнего дня. КСЭ объединяет и координирует сегодня усилия ясех, кто занимается в нащей стране ТМ. «Фактически это неформальное учреждение, которое выполняет крупную межведомственную программу по данной проблеме», – считает руководитель КСЭ Н. Васильев.
Успешно продолжила КСЭ свои работы ив 1960 г. Параллельно с ней работали Экспедиция молодых инженеров из КБ С. Королева, в состав которой входил будущий космонавт Г. Гречко, а также группа Золотова. Программу работ которой поддержали академики Л. Арцимович, М. Келдыш, Е. Федоров и др. С этого же года в проведении исследовательских работ КСЭ начале активно помогать Сибирское отделение АН СССР.