Вплоть до выхода из РА отряд не снижал боевой активности в зоне своей ответственности. В ходе вывода советских частей из зоны ответственности «ЮГ» через г. Кушка в 1988 году отряд обеспечивал их безопасность, находясь в арьергарде, и вышел последним в августе 1988 года. С выводом в Союз организационно-штатная структура отряда была приведена в соответствие со штатом обычного отдельного отряда специального назначения, который входит в состав каждой бригады. Техника и часть вооружения, не соответствующие новому штату были сданы на склады. В отряде помимо штаба и управления остались три роты специального назначения, рота связи, группа минирования, автовзвод, взвод мат. обеспечения и ремонтное отделение. Из г. Кушка отряд в составе 22 обрСпН прибыл в августе 1988 года к новому месту постоянной дислокации н. п. Перекешкюль Азербайджанской ССР (КЗакВО). Не успев обустроиться, 23 ноября 1988 года отряд был привлечен для выполнения задач по поддержанию конституционного порядка в г. Баку. Располагаясь в Кировском районе города – месте компактного проживания армян – отряд нес особую нагрузку по предотвращению актов насилия и грабежей, направленных против них. Особенно трудным был 1989 год. В период с апреля по июнь 1990 года и с мая по июль 1991 года отряд принимал участие в урегулировании конфликта в Нагорном Карабахе. Группы отряда, действуя на территории Армении в районе н. п. Наямберян и Шавар Шаван, уничтожили 19 градобойных орудий, которые обстреливали населенные пункты Азербайджана. В июне 1992 года 173 ооСпН в составе 22 обрСпН был передислоцирован в пос. Ковалевка Аксайского района Ростовской области (СКВО), где и располагается в настоящее время. Так же не успев обустроиться, отряд 6 ноября был привлечен для урегулирования осетино-ингушского конфликта. На его начальном этапе разведгруппы отряда вели разведку мест дислокации незаконных вооруженных формирований чеченских и ингушских боевиков на территории Северной Осетии и Ингушетии. В дальнейшем на отряд была возложена задача по охране Временной администрации, сопровождению грузов гуманитарной помощи, а также по эвакуации мирного населения из района конфликта. В августе 1994 года отряд вернулся в п. п. д, однако спустя три месяца вновь покинул расположение части и ко 2 декабря 1994 года находился уже в Моздоке – начиналась Чеченская кампания. Разведорганы отряда участвовали в ней с самого начала, ведя разведку в интересах войск и, в частности, в интересах корпуса генерала Рохлина перед и во время штурма Грозного.