Хитроумный царь гиксосов сильно ошибся в дарованиях молодого фараона и недооценил боеспособность многочисленной египетской армии. Тутмос III со всей решительностью начал войну против мятежника Кадеша (около 1469-1450 года до н.э.), показав завидные полководческие способности. Быстро собрав воедино армию (предположительно в 20 тысяч человек), он совершил скорый и неожиданный для врага марш от берегов Нила и появился в центральной части палестинских земель.
В 1469 году состоялась знаменитая в мировой военной истории битва при Мегиддо. Свою известность она получила благодаря тому, что это было первое описанное в Древнем мире полевое сражение. Мятежные племена "азиатов" под начальством царя Кадеша сосредоточили свои силы в долине Мегиддо, севернее Кармельских гор. Гиксосы выставили сильные сторожевые заставы, чтобы избежать внезапного нападения египтян и удержать в своих руках три горных перевала. Скорее всего, мятежники численно превосходили армию фараона. Во всем остальном они несомненно уступали ей.
Тутмос III, разведавший силы и замыслы неприятеля, не распыляя своих сил, как царь Кадеш, смело прорвался через перевал в Кармельских горах и оказался в долине Мегиддо. Защитники перевала были рассеяны. Известно, что фараон геройски лично возглавил эту атаку. На берегах реки Кина египтяне устроили укрепленный походный лагерь. Гиксосы не решились напасть на него.
Царь Кадеш привел свои войска от селения Таннах к городу Мегиддо и разместил их на возвышенности, удобной для сражения. За спиной мятежников возвышались крепостные стены. О стройности рядов гиксосов и их союзников говорить не приходилось, хотя настроены они были весьма воинственно. Тутмос III при полном бездействии врага выстроил египетскую армию вогнутым в сторону крепости фронтом. Он делился на центр и два крыла — правое и левое.
Правое (южное) крыло начало отвлекающее маневрирование на поле битвы. Мятежники попались на эту военную хитрость, словно забыв о главных силах египетской армии. Тогда, удостоверившись в том, что его замысел удался, фараон Тутмос III лично повел в атаку северный "рог" (левое крыло). Хорошо продуманный удар наносился между крепостью и флангом неприятеля.
Мятежники, стоявшие здесь, были смяты сомкнутым строем боевых колесниц, за которыми двигалась в плотных шеренгах пехота — копьеносцы и воины с мечами. Вражеский фланг оказался окруженным. Началось истребление стоявших здесь отрядов царя Кадеша, который в завязавшейся битве быстро потерял нити управления, а его гиксосы словно забыли о своей былой стойкости и храбрости при завоевании Египта.