В то же время, наряду с ЦК партии и СНК, продолжал существовать Петроградский ВРК — Военно-революционный комитет, функции которого теперь сводились не к «деланию» революции, а к защите ее завоеваний.
С конца октября ВРК перешел в непосредственное подчинение ВЦИК. Функции ВРК стали необычайно широкими: борьба с контрреволюцией, охрана революционного порядка, ликвидация старого государственного аппарата, создание новых органов управления. ВРК ведал продовольственным снабжением городов и армии, распределял оружие и финансы, реквизировал у буржуазии здания, автомобили, излишки товаров первой необходимости, вел агитационную работу среди населения.
27 октября СНК принял закон о печати, согласно которому подлежали закрытию все органы прессы, призывавшие к сопротивлению или неповиновению правительству, сеявшие смуту, толкавшие к действиям преступного характера. ВРК немедленно стал проводить в жизнь декрет Совнаркома. Ряд его распоряжений о конфискации контрреволюционных изданий, закрытии типографий и контор буржуазных газет был подписан Ф.Э. Дзержинским, одним из наиболее активных членов ВРК.
В начале ноября 1917 года на Ф.Э Дзержинского была возложена ответственность за охрану Смольного института, где размещались ВЦИК, Совнарком, ВРК и другие важные государственные учреждения. Ф.Э. Дзержинский как член ВРК, а с середины ноября и как член Коллегии НКВД, отдавал много сил борьбе с саботажем, ставшим серьезным «пассивным» способом борьбы с новой властью. 23 ноября по ордеру, подписанному Ф.Э. Дзержинским, были арестованы и доставлены в ВРК уклонявшиеся от работы служащие Государственного банка (позже их отпустили по домам).
Деятельность ВРК не ограничивалась пределами Петрограда и окрестностей, но распространялась на всю Россию. Постепенно ВРК передавал ряд своих функций другим ведомствам, и на первый план в его деятельности все более выдвигалась борьба с контрреволюцией. 21 ноября по предложению Ф.Э. Дзержинского при ВРК была создана особая комиссия для борьбы с контрреволюцией, в которую вошли пять его членов.
5 декабря 1917 года ВРК принял постановление о ликвидации всех своих отделов.
В начале декабря произошло дальнейшее обострение политической обстановки в стране. Контрреволюция, пользуясь гуманностью, проявлявшейся на первых порах советской властью, усилила подрывную работу. На окраинах страны она начала развертывать гражданскую войну. Усилились саботаж чиновников, антисоветская кампания на страницах буржуазных, эсеровских и меньшевистских газет. «Союз союзов служащих государственных учреждений» принял решение «объявить всеобщую политическую забастовку по всей России». Страна оказалась на грани паралича.