В реках северных районов Японии и вдоль побережья было много лосося; в наши дни он водится и южнее, включая реку Тоне. Нет сомнения, что к концу неолита он стал одним из основных видов пищи для северных народов, поэтому его изображения часто вырезали на камне. Несколько таких изображений — можно предположить, что они были своего рода фетишами, — сохранилось в Тохоку. Всего известно шесть камней с высеченными рисунками. Наиболее четкие и похожие на оригинал найдены в городе Ядзима, префектура Акита: на камень нанесены силуэты 12 лососей различных размеров, каждый примерно вполовину меньше реальной величины; головы рыб обращены в разные стороны; иногда их силуэты перекрывают друг друга. Точно датировать изображение не представляется возможным, поэтому, судя по обнаруженной рядом с ним керамике эпохи Дзёмон, было решено относить его к этому же времени.
В Японии одомашненная собака сопровождает человека с самых ранних периодов истории страны. Не вызывает сомнения, что она была сторожем и любимцем семьи. Возможно, ее также обучали для помощи на охоте. Сохранились многочисленные костные остатки собак: например, в кьёккенмёдинге Йосиго в префектуре Айти рядом с захоронением трех человек были обнаружены останки десяти собак (трех кобелей и семи сук). Кости Canis familiaris japonica — собаки небольшого размера, прародительницы современной породы тиба, — были найдены в двадцати разных местах раковинной кучи, относящейся еще к периоду Ханадзуми раннего Дзёмон. Этот кьёккенмёдинг расположен рядом с деревней Тойохару, префектура Сайтама. В кьёккенмёдинге Нитигаято в префектуре Иокогама безымянный любитель животных периода Хоринути похоронил своего друга в овальной ямке длиной около метра и шириной около полуметра прямо под слоем раковин. Археологи обнаружили прекрасно сохранившийся скелет. В раковинных кучах Убаяма специальных захоронений собак не встречается. Наоборот, характерные царапины на костях животных вполне могли появиться там в процессе отделения мяса. Если мясо предназначалась для использования в пищу, то это могло означать одно — люди находились в очень сложной экономической ситуации.
В неолите кошка еще не была одомашнена. В кьёккенмёдинге Нодзима в Канагаве, относящемся к раннему периоду Дзёмон, был найден череп, а в кьёккенмёдинге Итиодзи в Аомори — нижняя челюсть дикой кошки, подобной той, что обитает в Корее и на острове Цусима. Возможно, судя по сходству черепа, эта кошка была предком одомашненной кошки Хонсю. Тем не менее, справедливым вполне может оказаться и широко распространенное мнение, что домашняя кошка была привезена в Японию из других мест.